中心以科技創新為宗旨，以科學管理為手段，以優質服務為目標，以文明創建為抓手，紮實履行工作職能，努力爭創壹流業績，十年來獲上級部門頒發的各類榮譽70余項，各條戰線碩果累累。
行政方面，中心先後獲得全國動物防疫工作目標管理考核甲等、全國動物防疫重點工作落實情況檢查中檢疫工作甲等、全國獸藥質量監督殘留監控先進集體、全國獸藥殘留監控先進集體、全國飼料質檢體系30年飼料質量安全監測先進單位、全國飼料質檢體系30年飼料檢測技術研究先進單位、飼料質量安全整治暨執法年行動先進集體全國“助奧行動”先進集體、全國農業科普先進集體、市A級財務會計信用等榮譽稱號。
科研方面，中心組織實施的各類科技項目60多項，其中獲國家科技進步獎2項、全國農牧漁業豐收獎2項、上海市科技進步獎3項、上海市科技發明獎1項；主持編寫地方標準43項，其中4項標準獲市級科技獎勵；有3項技術成果獲國家知識產權局專利證書。
黨工團方面，中心被評為市農委文明單位、市級平安單位、市級健康單位，黨支部被評為“上海市經濟工作黨委系統先進基層黨組織”、“市農委黨組先進黨支部”，團支部被評為“市級機關先進團組織”、“市農委先進團支部”，獸醫和藥檢實驗室被評為“上海市新長征突擊隊”、“***青團號”，獸醫疾病診斷中心被評為“上海市紅旗班組”，獸藥殘留室被評為“上海市文明崗”，城區動物防疫科被評為“市農委系統新長征突擊隊”。