法律解析:保密協議是指對負有保密義務的人員在聘用期間的知識產權和企業的商業秘密予以保密。如果保密協議的主體是用人單位和勞動者。勞動者不得以任何形式將所知悉的商業秘密和知識產權告知任何第三方，也不得利用所知悉的商業秘密開展個體經營等活動。但是，用人單位應當對履行保密義務的人員給予經濟補償。《中華人民共和國勞動合同法》明確規定了勞動關系中違約金的約定情形，即用人單位只能在兩種法定情形下與勞動者約定違約金:壹是用人單位為勞動者提供專項培訓費用，雙方約定服務期，勞動者違反服務期約定應當向用人單位支付違約金；其次，用人單位與勞動者約定有競業限制條款，勞動者違反競業限制約定應當向用人單位支付違約金。也就是說，除兩種法定情形外，用人單位不得與勞動者就違約金進行其他任何約定。
因此，不允許在保密協議中直接設定違約金。如果約定了違約金，就有被認定無效的風險。但這並不意味著不能在保密協議中約定違約責任，而是可以在保密協議中約定違反保密義務的賠償內容和賠償金額的計算方式。
法律依據:《中華人民共和國勞動合同法》第二十三條用人單位與勞動者可以在勞動合同中約定保守用人單位的商業秘密和與知識產權有關的保密事項。對於負有保密義務的勞動者，用人單位可以與勞動者在勞動合同或者保密協議中約定競業限制條款，約定勞動合同解除或者終止後，在競業限制期內按月向勞動者支付經濟補償金。勞動者違反競業限制約定的，應當按照約定向用人單位支付違約金。
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