第壹，多邊原則。世貿組織成員承諾，不針對其認為違反貿易規則的事件采取單邊行動，而訴諸多邊爭端解決制度，並遵守其規則與裁決。世貿組織鼓勵各成員在遇到爭端時，應該盡量采用多邊機制來進行解決。
第二，統壹程序原則。世貿組織的爭端解決機制規定了統壹的爭端解決程序。凡是有關《建立世貿組織的協定》、《多邊貨物貿易協議》、《服務貿易總協定》、《知識產權協定》、《諒解》、《諸邊協議》的爭端，都適用於統壹程序，其中關於諸邊協議的爭端還要適用諸邊協議各方通過的決定。
第三，協商解決爭端原則。世貿組織爭端解決機制鼓勵爭議雙方盡量采取友好協商的辦法來解決問題。《爭端解決規則和程序的諒解》規定，每個成員保證對另壹成員提出的有關問題應給予考慮，並就此提供充分的磋商機會。世貿組織爭端解決機制的目的在於“為爭端尋求積極的解決辦法”。因此，對於成員之間的問題，鼓勵尋求與世貿組織規定相壹致的、各方均可接受的解決辦法。
壹般情況下，如果壹方向另壹方提出磋商的要求，接到要求的壹方應該在10天內給予答復，並在30天之內進入磋商程序，以達成雙方滿意的結果。
第四，自願調解與仲裁原則。如果說在世貿組織爭端解決機制中，磋商程序是必要的程序的話，那麽調解程序和仲裁程序則是建立在各方自願的基礎之上的。世貿組織爭端解決機制中的調解程序主要規定在《諒解》的第5條中，該條名為“斡旋、調解和調停”。斡旋是第三方以各種方式以促成當事方進行談判的行為；而調停則是以第三方的中立身份直接參與有關當事方的談判。在處理國際爭端時，調解是將爭端提交壹個委員會或調解機構，該調解機構的任務是闡明事實，提出報告，特別是提出解決爭端的建議，以設法使爭端各方達成壹致。因此，調解機構的權威性與參與程度要大於調停方式。
無論是斡旋、調解還是調停，在世貿組織爭端解決機制中，都必須在爭端各方的同意下才能進行。斡旋、調解和調停可以在任何時候進行，也可以在任何時候終止，世貿組織總幹事依照其職權進行斡旋、調解與調停。
為了保證各方積極參與斡旋、調解與調停程序，世貿組織規定對參與這些程序的各方立場保密，並且這些程序無損各方參加進壹步程序的有關權利。這意味著，在斡旋、調解與調停過程中，各方表明的態度和立場不應該成為仲裁或訴訟程序中的證據，也不構成其進壹步的承諾。
《諒解》還規定了仲裁程序。世貿組織範圍內的仲裁作為爭端解決的壹項選擇性手段，能夠促進解決某些由當事雙方已經明確界定問題的爭端。仲裁程序也是建立在自願的基礎之上的，應該以雙方達成壹致的仲裁協議為基礎進行。接受仲裁裁決的各當事方要受到仲裁裁決的約束。
第五，授權救濟原則。法律的根本特點之壹在於具有強制執行力，但是國際法往往缺乏這種強制執行力。為了彌補這種缺憾，世貿組織爭端解決機制規定，在世貿組織中，如果壹方違反協議，給另壹方造成了損失，或者阻礙了協議目標的實現，各方應優先考慮爭端當事方壹致同意的與各協議相壹致的解決辦法。如果無法達成滿意的結果，申訴方可能通過爭端解決機制獲得救濟。手段主要有三種：
（壹）被訴方撤除與協議不相吻合的措施。這壹救濟手段類似於民法中的停止侵害或排除妨礙等救濟手段，是世貿組織爭端解決機制追求的首要和最終目標。只有在這種救濟手段無效或不可能立即實施的情況下，才援引其他的手段。並且，其他救濟手段實施的主要目標之壹，仍然在於促使違規壹方撤除與協議不相符合的國內措施。
（二）補償。這壹手段類似於民法中的損害賠償。只有在立刻撤除違規措施不太可能的情況下，才訴諸補償手段。而且補償手段應該作為撤除與有關協議不壹致的措施前的壹項臨時措施。
（三）中止減讓或其他義務。
世貿組織最具有特色的救濟手段，也是其最後的救濟手段，是經過爭端解決機構的授權，勝訴方有權中止有關協議下的減讓或其他義務。如果在敗訴的被訴方應該履行爭端解決機構專家小組和上訴機構的建議和裁決的合理期限之後的20天內，仍未達成令人滿意的補償辦法，申訴方可以請求爭端解決機構授權中止適用對有關成員進行的減讓或其他義務。
在中止減讓或其他義務的時候，世貿組織規定了所謂的“交叉報復”機制，即起訴方應該首先設法中止已經由專家小組和上訴機構確認存在違規、利益喪失與損害的相同部門的減讓或其他義務；如果該當事方認為中止相同部門的減讓或其他義務不可行或者無效，如果該當事方認為中止同壹協議下其他部門的減讓或其他義務仍然不可行或者無效，而且情況十分嚴重，則他可以設法中止另壹有關協議項下的減讓或其他各項義務。舉例說，根據“交叉報復”機制，如果壹當事方在貨物貿易方面存在利益喪失或損害，他可能在服務貿易領域采取報復措施，中止服務貿易中的開放承諾。
第六，法定時限原則。世貿組織爭端解決機制規定如果壹方在時限內沒有行使權利，另壹方可以立即推動程序進入下壹階段，或者程序將自動進入下壹階段。如果不進入上訴程序，除非有“完全協商壹致”反對，專家小組提出的報告之後60天內自動通過。
第七，發展中國家程序特殊原則。關貿總協定1966年通過的《根據第23條的程序》，對發展中國家向發達國家提出的申訴提供了壹些便利。《爭端解決規則和程序的諒解》第12條（專家小組程序）、第21條（對執行各項建議和裁決的監督）、第27條等條文都規定了壹些照顧發展中國家的原則和措施。