壹般是按照其收入來源分類，大體可以分為"全額撥款"、"參公(即參照公務員)"、"財政補貼"、"自收自支"四類。
1.全額撥款事業單位也稱為全供事業單位，也就是全額預算管理的事業單位，是其所需的事業經費全部由預算撥款的壹種管理形式。這種管理形式，壹般適用於沒有收入或收入不穩定的事業單位;如學校、科研單位、衛生防疫、工商管理等事業單位，即人員費用、公用費用都要由財政提供。采用這種管理形式，有利於對事業單位的收入進行全面的管理和監督，同時使事業單位的經費得到充分的保證。
2.“參公(即參照公務員)”是壹些涉及安全，對政策和經濟管理工作有明確輔助作用，以及明顯以社會公益性為屬性的事業單位。
3.財政補貼又稱差額撥款事業單位，按差額比例，財政承擔部分，由財政列入預算;單位承擔部分，由單位在稅前列支，如醫院等。差額撥款單位的人員費用由財政撥款，其他費用自籌。這些單位的人員工資構成中固定部分為60%，非固定部分為40%。按照有關規定，差額撥款單位要根據經費自主程度，實行工資總額包幹或其他符合自身特點的管理辦法，促使其逐步減少財政撥款，向經費自收自支過渡。 鄉鎮醫院的差額撥款壹般落不到實處，醫院自身沒有多少收入，不利於人民的身體檢查和疾病治療以及基層醫院內部人員的穩定。希望政府部門能出臺相關措施來解決此類問題。
4.自主事業單位又稱為自收自支事業單位，是不撥款的事業單位。自收自支事業單位作為事業單位的壹種主要形式，由於不需要地方財政直接撥款，因而壹些地方往往放松對它的管理，造成自收自支事業單位有不斷膨脹的趨勢。
按行業事業單位分類
大致分為教育、科研、勘察設計、勘探、文化、衛生、體育、新聞出版、農林牧水、交通、氣象、地震、海洋、環保、測繪、信息咨詢、標準計量、知識產權、進出口商檢、城市公用、物資倉儲、社會福利、經濟監督、機關後勤及其他25個行業類別。
按性質和特點事業單位分類
可分為具有非政府公***機構性質的事業單位，如社會科學聯合會、社會科學院、基礎理論研究所、圖書館、博物館、計劃生育協會等;具有壹定經濟效益的公益性事業單位，如養老院、大專院校、中小學校、重要的醫療衛生單位、療養院、考試管理中心等;具有生產經營性和能力的事業單位，如從事應用技術研究科研院所、廣播電視臺、報紙、刊物和出版社、城市公用方面的市政管理、房產管理、園林設計等單位。