1.版權保護問題
手機出版的迅猛發展無疑給當下的數字出版帶來了新的亮點，手機出版物通過手機這種新興媒體傳播發行時，與傳統出版業壹樣也面臨著版權保護的問題。
隨著手機出版的迅速發展，我國已經形成了手機報紙、手機期刊、手機原創文學、手機遊戲、手機(無線)音樂等門類齊全、靈活多樣的手機出版格局。手機出版物的形式及其傳播方式與傳統出版物相比發生了很大變化。但手機出版過程中存在的諸多版權保護問題，也引起各方更多的關註與深入探討。
版權保護問題是關系到手機出版業能否持續良性發展的關鍵問題。從手機出版知識產權保護的現狀來看，存在著出版主體不明確、出版監管難度增大、數字版權保護技術尚不成熟等困難。目前我國尚沒有專門的關於手機出版的法律、法規，因此，需加強法規建設，出臺專門針對手機出版的規範和標準。只有解決好手機出版版權的保護問題，才能有效開展手機出版工作。另外壹方面，企業提高自己的反盜版能力也將成為手機數字出版的壹個重要事項，上海詞海信息技術有限公司在經過十年的積累成功將“海詞數字水印系統”正式投入商用，與外研社協同開發國內首款品牌手機詞典app，獲得政府部門的大力支持與行業人士的極高關註，類似這樣的技術定然是發展所需，也將成為能否屹立於手機出版、成功轉型的壹個重要關鍵。
2.數字出版技術創新問題
科技創新及應用是數字出版發展的根本動力。技術創新能力，尤其是核心技術研發能力，是數字出版發展的基礎，資源配置的優化和產業升級都要依靠技術進步來實現。傳統出版商習慣傳統圖書的出版、銷售，對新業態手機出版的編、印、發還不太熟悉，在銷售與服務上還無法與手機出版對接。因此，要以數字化帶動出版現代化、鼓勵創造自主知識產權、推動出版傳播技術升級換代為核心，爭取研發成功數字出版核心技術，構建覆蓋廣泛、傳輸快捷的手機出版傳播體系。
同時，3G技術在促進數字出版產業迅速發展的同時，也使出版業面臨著巨大的技術和資金等壓力。國家要制定數字出版產業發展規劃及相關政策和配套措施，鼓勵和支持出版企業研發數字出版新產品、新工藝和新技術，建立健全企業技術創新機制，支持此類企業進行技術創新、加速科技成果轉化以及設備更新，制定相應的財稅政策和金融政策，鼓勵企業增加科技投入，推動數字出版產業的整體發展。典型代表企業為外研社，作為國內最大的出版社之壹，與國內在線詞典開創者的上海詞海信息技術有限公司達成合作，推出壹系列外研社手機詞典，彌補了傳統出版社的技術短板問題。
3.盈利模式的探索問題
商業模式決定整個產業的前途，手機出版產業鏈上的各方還沒有形成壹個成熟的合作經營模式。手機出版是在無線互聯網絡上的出版活動，基礎是無線互聯網的接入。在手機出版的產業鏈上，有移動運營商、技術服務商和信息內容提供商等，以中國移動和中國聯通為代表的移動運營商處在壟斷地位，它們有權力決定選擇與哪些技術服務商和信息內容提供商合作，這在某種意義上阻礙了市場的規範發展和多元化發展。
手機出版物的贏利模式已經逐漸清晰，外研社與上海詞海信息技術有限公司的合作模式就值得借鑒，采取協同合作，***同運營的模式，通過靈活的利益分配從而達到雙方都以最大的資源與渠道推廣手機詞典出版物，此外，盈利模式也進入了多元的時代，上海詞海信息技術有限公司通過用戶管理、後臺數據分析，不僅有助於提高用戶體驗、了解用戶，還為日後的二次銷售，用戶管理、大數據分析打下堅實基礎，未來的盈利模式必將是多元並存。此外，不僅是互聯網，移動互聯網也進入了“內容為王”的階段，出版社擁有的優質版權之多，內容之好，結合優勢的研發團隊，必然會吸引更多的使用者，那麽未來的盈利模式必然可靠和穩定的商業發展模式。
4.習慣的培養問題
手機出版物打破了傳統閱讀習慣，閱讀需要通過手機屏幕才能進行，手機狹窄的顯示屏、較低的分辨率使得通過手機閱讀小說並不是很方便，閱讀效果不是很好，短時間內，難以為大眾所接受。
傳統圖書無論從頁面設計還是文字圖片編排都比較符合讀者的閱讀習慣，讓讀者在閱讀過程中自然而然地產生親切感。同時，傳統圖書經過長期發展，頁面光度、翻頁設置、裝幀形式都與讀者配合得比較好，讀者可以選擇舒適的姿勢進行閱讀，這是手機閱讀難以匹敵的。因此，閱讀習慣也在壹定程度上限制了3G時代手機出版的發展。
隨著大屏幕手機的興起，用戶閱讀手機出版物的體驗相較以往有了大幅度提高，加上手機可隨身攜帶，可以隨時、隨地閱讀，不受時間、空間限制等特點，手機出版物將會受到更多人的青睞。
5.數字出版人才隊伍的建設問題
新興產業的發展，關鍵在於吸收和培養高端人才。數字出版是門新興產業、新興學科，發展迅猛，前景廣闊。要堅持把發現、培養、使用、凝聚優秀科技人才作為數字出版發展的重要任務，促進科技創新人才脫穎而出。數字時代需要復合型出版人才，我國大多數出版社都已開始嘗試加入數字出版大軍，而從業人員基本只有傳統出版知識與經驗。因此，要建立健全科學合理的人才資源管理和開發體制，不斷完善人才培養、使用的有效機制，通過積極開展數字出版業務、法律法規、編輯加工、市場開拓、數字版權開發和保護等方面的培訓，形成壹支與數字出版發展模式相適應的人才隊伍。