醫院辦公室是醫院事務的綜合協調管理部門。其主要職責是:負責院長辦公會議的組織管理，承擔院務會議決議執行情況的監督檢查，起草醫院綜合性文件，制定行政規章並組織實施；承擔醫院目標管理和重大院務接待的日常工作，組織重大院務活動，組織醫院的綜合性會議；負責協調醫院的行政後勤和醫院機關的行政管理及後勤保障工作；負責醫院的對外宣傳、網絡信息、公文處理、印章管理和醫院文件檔案管理；負責醫院的財務管理；負責全院安全生產、治安和社會治安綜合治理的綜合協調和管理。
(2)黨群工作部(黨委辦公室、醫院管理局黨委、醫院工會、醫院團委牌子)
黨群工作辦公室是全院黨的工作的綜合協調管理部門。其主要職責是:負責宣傳黨的路線、方針、政策和有關法律法規；負責落實黨的思想和組織建設任務；檢查督促基層黨組織落實黨的民主集中制、組織生活和民主生活會；負責承擔醫院黨的組織、宣傳、統戰工作和醫院黨委的日常工作；負責組織和管理共青團工作；負責醫院黨委的日常事務和保密工作；負責組織管理院內工會和婦女工作，指導院外工會和婦女工作。
(3)人事勞動司
人事勞動部門是全院人事、勞動工資、職稱改革等工作的管理部門。其主要職責是:承擔後備幹部的選拔、任免、考核、教育培訓工作，組織全院職工的考核、流動調配和聘用管理工作；承擔各類人才推薦、專家管理，組織實施職工繼續教育和崗位培訓，負責博士後工作站的日常管理；負責全院專業技術職務評聘的管理；負責研究所的設立、人員配備、勞動工資計劃管理和職工技能培訓；負責出國人員的政審，承擔駐蓉員工及蓉外辦以上幹部的人事檔案管理。
(四)科技管理辦公室(四川省農作物育種研究辦公室牌子)
科技管理辦公室是全院科技業務的管理部門。其主要職責是:承擔全省農作物育種研究的管理工作；編制全院科研計劃管理；負責組織管理農業和科技系統的科研和示範推廣項目；負責組織全院科技成果的鑒定、登記和申報；負責組織與院外學術團體的學術交流和聯絡。
(5)科技產業處(掛四川省農業科學院知識產權局牌子)
科技產業處是負責全院科技產業化的管理部門。其主要職責是:制定醫院科技產業發展規劃，實施對醫院控股企業的管理和指導；負責組織醫院經營性知識產權的評估、登記、申報、保護和開發；負責組織研究所發展基金項目的申報、評審和管理；負責醫院國際經濟合作項目的組織和管理；負責醫院國有經營性資產的管理；負責審查研究所科技開發的重大經濟合同和企業改制組建方案。
(6)科技協作辦(掛四川省農業科學院外事辦公室、四川省農業科學院農村發展研究中心牌子)
科技協作科是全院科技成果示範推廣和國際科技合作的管理部門。其主要職責是:組織管理財政和國家發展改革委科技示範推廣項目；負責組織和管理國際合作和對外交流的研究項目；負責組織全院新品種、新技術、新產品的示範、推廣和宣傳；負責組織全院專家服務規模化生產，開展醫院與市(縣)的科技合作；負責組織科技扶貧的管理、協調和實施；負責組織農村經濟發展的調研工作。
(7)有條件的金融辦公室
有條件的財務科是全院科研、生活條件和計劃財務的管理部門。其主要職責是:制定醫院有條件財務管理制度，負責醫院有條件財務管理和會計業務指導；負責組織編制研究所和各研究所的年度預算和決算，並監督各研究所的執行；負責醫院基本建設的投資計劃和管理，審批、監督和實施醫院的建設項目和計劃；負責醫院非經營性國有資產的管理；負責組織和爭取基本建設專項資金；負責全院政府采購管理。
(8)退休管理處
退休管理處是醫院退休工作的管理部門。其主要職責是:指導醫院所屬各單位退休管理工作，監督檢查退休政策落實情況；
組織離退休人員開展活動，發揮他們的作用；承擔數千名醫院級離休幹部和退休幹部的日常服務工作；加強對各單位退休協會的指導。
(9)監督審計辦公室
同時，監察審計室是院紀委的辦事機構，是院和上級雙重領導下的黨風、黨紀、監察、巡視和行政監察審計工作的管理部門。其主要職責是:負責黨風黨紀、反腐敗鬥爭和國家政策、法律法規的宣傳、教育和貫徹執行；負責處理違反黨的章程和其他黨紀、國家政策和法律法規以及黨內外的投訴和申訴；負責財政項目和建設項目招投標的審計和監督；按照幹部管理權限，負責領導幹部任期內和任期後經濟效益和經濟責任的審計監督；負責對研究所控制企業的資產、負債、損益進行審計和監督。