根據上述主要職責，四川省知識產權局設7個內設機構：
（壹）辦公室。負責文、電、會及機關工作制度制訂並組織實施；負責綜合協調、重要文件起草、政務公開、辦公自動化、督查督辦、政務信息、績效考核、機要檔案、保密安全、信訪及應急管理等工作；承辦機關財務、審計、固定資產管理和後勤保障等工作。
（二）保護協調處（政策法規處）。起草專利工作的地方性法規、規章和政策草案；承擔知識產權（專利）依法行政工作的組織協調和督促指導；組織開展知識產權重大政策研究，承擔全省知識產權戰略推進計劃的制訂和實施；組織協調全省涉外知識產權事宜；組織協調全省流通領域和展會知識產權的有關工作，協調督辦重大侵犯知識產權案件；組織建立重大經濟活動知識產權特別審查制度並推動相關工作的開展；組織對外發布全省知識產權保護狀況；承擔行政執法監督、行政復議等工作；承擔省知識產權工作領導小組辦公室的具體工作。
（三）規劃發展處。研究擬訂專利工作發展規劃；負責指導和推動全省知識產權（專利）工作的開展；負責省級專利實施促進專項資金的管理；承擔專利統計分析工作。
（四）專利實施處。研究擬訂促進專利實施與產業化的政策措施；指導專利實施與產業化，組織重大專利項目的產業化開發應用；協調開展專利資產評估、專利質押融資的咨詢和服務；建設和管理專利展示交易平臺，組織開展專利展示交易、專利項目供需對接、專利評選獎勵等工作；統計分析專利實施效益；承辦專利許可轉讓、專利合同備案工作；指導進出口貿易中的知識產權工作。
（五）法律事務處。負責全省專利行政執法工作；依法調解專利糾紛，查處假冒專利行為，開展專利維權援助工作；指導企事業單位、行業協會等應對各類知識產權糾紛，指導幫助開展專利預警和涉外應對工作；承擔有關行政訴訟、專利行政執法人員培訓等工作。
（六）專利管理處。負責全省專利代理機構的管理監督，擬訂專利代理服務體系建設和發展的政策措施；負責專利信息公***服務體系建設；承擔省級專利申請資助並指導市（州）縣專利申請資助工作。
（七）宣傳教育處（國際合作處）。組織開展知識產權（專利）法律、法規和方針政策的宣傳普及和培訓工作；組織協調社會參與知識產權宣傳的相關活動；組織開展全省專利工作國際合作與交流活動。
機關黨委（人事處）。負責機關和直屬單位的機構編制、人事和離退休人員管理服務等工作；負責機關及直屬單位黨的建設和紀檢監察工作，領導機關及直屬單位工、青、婦工作。