根據上述職責，市商務局設20個內設機構，均為正科級建制。
（壹）辦公室
負責文電、文秘、機要、檔案等機關日常政務工作；承擔新聞宣傳、政務公開、政務信息、公文管理、信訪、保密、應急、行政管理、安全保衛等工作；承擔重要會議、重大活動的組織協調和決定事項的督辦；負責局機關內部總務管理、規章制度建設、房產管理及其它行政事務工作；承擔蘇州市開放型經濟發展協調領導小組辦公室的具體工作。
（二）綜合處（信息處）
研究經濟全球化、區域經濟合作和現代流通方式的發展趨勢；擬訂全市商務發展戰略和實施規劃，擬訂全市商務工作目標和綜合評價考核辦法，監測分析商務運行狀況並提出意見和建議；承擔商務系統的信息調研，起草商務運行情況綜合性文稿；匯總、編制商務系統各類統計報表；建立完善商務信息公***服務體系，承擔機關電子政務及網站管理工作，指導商務系統信息化和電子商務工作。
（三）財務處
貫徹落實國家及省、市有關商務工作的財稅、金融、價格等政策；參與擬訂全市促進商務經濟發展的財務政策與措施；調查、跟蹤、分析商務經濟發展的整體運行情況，提出財務工作建議；負責商務局歸口的各項業務和專項資金等的具體使用與管理工作；編報本部門預決算；承擔本部門的財務管理、資產管理、基本建設和內部審計工作；協調和處理原所屬單位改制中遺留的財務問題。
（四）市場秩序處（生豬定點屠宰管理辦公室）
承擔牽頭協調整頓和規範市場經濟秩序相關工作；負責商務綜合行政執法，建立商務舉報投訴服務網絡；推動商務領域信用建設，指導商業信用銷售，建立市場誠信公***服務平臺；承擔生豬屠宰行業的管理、監督和執法工作；負責市豬肉儲備的組織和管理；參與打擊商品流通領域侵犯知識產權的行為、組織開展打擊商業欺詐等工作；開展“放心肉”服務體系建設；承擔蘇州市生豬定點屠宰管理領導小組辦公室的具體工作。
（五）市場體系建設處
擬訂健全、規範市場體系的地方性法規、規章和標準草案，推進流通標準化；牽頭組織規範零售企業促銷行為；研究提出引導各種資金投向市場體系建設的政策，負責商業網點規劃和商業體系建設，負責推進農村市場和農產品流通體系建設；負責大宗產品批發市場規劃工作，指導大宗產品批發市場規劃工作；負責品牌培育和建設工作；按有關規定對拍賣、租賃、舊貨流通、汽車流通行業等進行監督管理；參與對全市重點商業設施建設項目的論證和監督管理；負責典當機構設立的審核、報批等具體業務工作。
（六）商貿服務管理處
擬訂現代流通服務業的發展戰略，提出優化流通產業結構、深化流通體制改革和促進商貿中小企業發展的政策建議，負責推動連鎖經營、商業特許經營、電子商務、商貿物流配送等現代流通方式的建設和發展；組織開拓城鄉市場，負責全市社區商業建設和發展，指導流通領域節能降耗工作，指導流通企業改革；負責餐飲業、住宿業、國內展覽業等商貿服務業的行業管理；按有關規定對成品油流通進行監督管理；指導再生資源回收管理工作；指導全市商貿行業協會、學會及其它有關社會中介組織工作。
（七）市場運行調節處（繭絲綢辦公室、酒類管理辦公室）
監測、分析市場運行和商品供求狀況，進行市場預測、預警和信息發布，並提出相應的調控建議；承擔建立健全生活必需品市場供應應急管理機制相關工作；承擔重要消費品（肉類、食糖、小包裝食品等）儲備管理和市場調控的有關工作；牽頭承擔商貿流通行業有關綜合性工作；會同有關部門做好商貿流通行業商品質量、商品標準計量、物價調控等工作；承擔繭絲綢辦公室和酒類管理辦公室的具體工作。
（八）產業損害調查處（反壟斷處）
貫徹執行國家有關反傾銷、反補貼和保障措施的法律、法規和政策；承擔產業損害調查工作；評估實施有關貿易政策對我市產業的影響和效果，提出采取相應措施的建議；建立和完善我市產業損害預警機制；開展產業國際競爭力調查，指導協調產業安全應對工作；受商務部和省商務廳委托，依法對蘇州範圍內的經營者集中行為進行反壟斷審查，指導企業開展反壟斷調查工作。
（九）開發區處（口岸處）
貫徹執行有關開發區建設的法規和政策; 參與擬訂開發區發展規劃和相關政策措施;承擔指導、協調、服務全市各類國家級、省級開發區工作；承擔省級以上開發區設立、撤銷的審核工作；負責全市開發區的統計、運行分析和綜合評價工作；研究開發區發展動態，為上級提供決策依據；參與協調海關特殊監管區域的有關事項；負責口岸開放和運行的相關工作；提供有關口岸政策和投資環境的咨詢服務。
（十）對外貿易處
擬訂全市貨物進出口相關的政策措施;推進以質取勝和市場多元化戰略；指導交易會、洽談會等外貿促進活動，推進外貿促進體系建設；承擔貨物進出口統計和運行分析；承擔重要工業品、原材料和重要農產品進出口總量計劃的申報和下達；實施進出口商品配額、關稅配額年度計劃的相關工作；根據授權，承擔進出口許可證管理的有關工作；負責與各進出口商會的溝通協調工作;推進進出口貿易標準化和外貿信用體系建設；負責各類企業對外貿易經營備案和管理工作;規範對外貿易經營秩序，推進出口品牌和出口基地建設；促進國際電子商務發展；負責與海關、出入境檢驗檢疫部門的合作，推動貿易便利化。
（十壹）服務貿易處
擬訂全市服務貿易中長期發展規劃、政策措施並組織實施；編制年度全市服務貿易發展研究報告；負責服務貿易促進和服務貿易統計工作；牽頭擬訂年度貿易促進活動計劃，主辦相關貿易促進活動；負責全市技術進出口合同的管理；負責全市軟件進出口合同管理和統計工作；負責國際物流促進，協助省廳做好全市國際貨代企業備案工作；按分工承擔涉外知識產權相關工作；承擔省電子口岸相關工作在蘇州的推進。
（十二）機電和科技產業處（機電產品進出口辦公室）
貫徹實施國家機電產品和高新技術產品進出口、成套設備出口的政策和法規；參與擬訂鼓勵機電產品出口的地方性法規和措施；承擔機電產品、高新技術產品出口體系建設和貿易促進工作；承擔機電產品進出口管理工作；執行國家進出口管制政策，負責依法審核兩用物項和技術進出口許可工作;負責全市科技興貿出口創新基地的建設工作。
（十三）外國投資管理處
擬訂全市外商投資政策和改革方案並組織實施；研究全市外資情況並上報動態和建議；擬訂改善投資環境，促進投資便利化的措施並組織實施；依法審批、報批、核準外商投資企業的設立及變更事項，依法審批、報批、核準外商投資項目的合同章程及法律規定的變更事項；指導全市投資促進工作，參與組織全市重大涉外經貿促進活動，規範對外招商引資工作。
（十四）外商投資企業管理處
負責全市外商投資企業的管理與服務工作；依法監督檢查外商投資企業貫徹執行有關法律法規規章、合同章程的情況；監測外商投資企業生產經營運行情況，統計分析實際利用外資情況；承擔加工貿易業務審批管理工作；受理、協調外商及外商投資企業的投訴與糾紛；協調解決外商投資企業生產運行中的有關問題；牽頭政府相關部門對外商投資企業開展聯合年檢，指導監督外企的清算、撤銷與兼並；指導市外商投資企業協會的工作。
（十五）服務外包處
貫徹執行有關促進服務外包產業發展的法規和政策; 參與擬訂全市服務外包產業發展規劃; 會同有關部門擬訂促進服務外包產業發展的政策措施並組織實施；指導、協調服務外包平臺建設；做好服務外包產業扶持資金的爭取與配套工作；組織協調服務外包投資促進與推介活動；加強對各類服務外包企業的管理和服務；承擔服務外包統計工作；承擔蘇州市推進國際服務外包工作領導小組辦公室的具體工作。
（十六）對外投資和經濟合作處
依法管理、指導和監督全市對外投資、對外承包工程、對外勞務合作等對外合作業務；擬訂全市人員出境就業政策，依法管理境外就業工作；承擔在境外投資開辦企業和機構（金融企業除外）的審核、報批工作；承擔對外承包工程、對外設計咨詢、對外勞務合作和出境就業經營資格的審核、報批工作；承擔勞務合作項目審查和外派勞務招收備案工作；承擔對外援助和接受國際多雙邊對我市的援助和贈款的管理工作；推進全市對外經濟合作的促進和服務體系建設。
（十七）政策法規處（公平貿易處、行政許可服務處）
組織起草有關地方性法規、規章草案及實施細則；研究起草商務發展的政策建議，參與起草局重要文件；承擔國家有關法律、法規、條約、協定實施的協調工作；承擔機關有關規範性文件的審核工作；承辦相關行政復議和行政應訴工作；承擔商務系統的法制宣傳教育工作；承擔進出口公平貿易的相關工作；參與調查對我市出口商品實施的歧視性貿易政策、法律法規及其做法；建立進出口公平貿易預警機制，依法實施貿易救濟調查，指導協調對我市出口商品的反傾銷、反補貼和保障措施的應訴及相關工作；指導貿易爭端的訴訟工作；承擔世界貿易組織在蘇州的相關工作;負責局行政許可服務事項。
（十八）外事處
承擔本部門的外事管理、聯絡和接待工作；承辦全市因公對外經貿出國（境）團組的初審與報批；承擔邀請外國經貿人員及在本市工作的外國經貿人員直系親屬來蘇州的有關工作；負責聯系外國有關政府或民間經濟部門經貿合作網絡；配合有關部門協調對香港、澳門特別行政區以及臺灣地區經貿規劃、政策和措施的實施工作;承擔“新加坡-江蘇合作理事會”江蘇方秘書處交辦的有關工作。
（十九）組織人事處
承擔局機關機構編制、人事管理、幹部管理、勞動工資、隊伍建設、教育培訓等工作；負責局機關出國（境）人員政審工作和商務系列專業技術資格初審工作；指導商務系統人才隊伍建設；負責雙擁工作。
（二十）離退休幹部處
負責本機關及歸口管理的改制單位離退休人員的管理和服務工作。
另按有關規定設置派駐紀檢組、監察室（合署辦公）和機關黨委。