1986年2月，根據國務院第100次常務會議決定，組建中華人民***和國國家土地管理局，為國務院直屬機構。
1998年3月10日，根據第九屆全國人大壹次會議批準的《國務院機構改革方案》，由地質礦產部、國家土地管理局、國家海洋局和國家測繪局***同組建中華人民***和國國土資源部，不再保留中華人民***和國國家土地管理局。
國務院直屬機構的調整：
1、撤銷國家稅務總局。將原國家稅務總局職能並入財政部。在地方則取消地方稅務局。
2、撤銷國家工商總局、質監總局、安監總局和藥監局。將原國家工商總局、質監總局、安監總局與衛生部下屬的藥監局合並，重新組建並定名為國家市場秩序監督管理總局。
3、撤銷國家廣電總局、國家新聞出版總署和國家體育總局。將原國家廣電總局、國家新聞出版總署和國家體育總局並入文化部。
4、撤銷國家統計局。原國家統計局並入發改委。
5、撤銷國家林業局。原國家林業局並入農業部。
6、撤銷國家知識產權局。原知識產權局並入教育科學部。
7、撤銷國家旅遊局、文物管理局。原國家旅遊局和文物管理局並入文化部。
8、撤銷國家宗教事務局。原國家宗教事務局與國家民委合並；國務院僑辦、港澳辦、臺辦並入，重新組建並定名為港澳臺僑和民族宗教事務委員會。
9、國家機關事務管理局和國家防腐局並入監察部，成為監察部下屬的國家局。