在理論地理學的研究中，王錚除提出理論地理學的壹般原理外，主要致力於理論地貌學和理論經濟地理學研究。早年，發展了壹系列地貌演變的解析模型，如壹維理想河流演變模型（1989）、沈積層層厚分布的模型（1991）、沿岸流作用下海岸線輪廓演化模型（1994）、泥沙懸浮的熵模式（1995）。2000年後重點開展理論經濟地理學研究，包括從統計力學角度推導出空間相互作用模型（1986,1989,2002）證明了A E Wilson模型的合理性並且證明在開發系統下該模型仍然成立，求出空間相互作用城市的數學形式,發展增長極的空間動力學模型（1988，1995），知識產業的區位模型（1999，2005）、旅遊業區位模型（2000，2002）、知識溢出空間過程模型（2003,2004）、產業集群模型（2008）、發展了壹種高技術產業空間格局演變理論（2004~2010）和壹種旅遊規劃學說（2000~2008）。王錚在理論地理學方面的研究工作，集中表現在他的理論地理學專著《地理科學導論》、《理論地理學概論》和《普通地理學》內，在這些專著中，王錚（與丁金宏合作）提出了地理事物具有環境-區域二象性，地理景觀界線信息測不準、地理學五條公設，區域進化觀點以及區域樞紐-網絡結構學說等。特別是提出了“壹個獨特的理論地理學體系”（胡煥庸評價），“明確地提出了宏觀經濟地理學和微觀經濟地理學的分類體系，有重要意義。”（吳傳均評價）
在區域管理學的研究中，王錚（與吳必虎等合作）提出了PRED協調概念和地理工程學說（1987，1989,1991，1995），定義了區域管理的概念和範疇（2000），提出了凱恩斯經濟政策與供應學派經濟政策的適用範疇，提出了區域知識管理學說（2006，2007）、區域溢出模式（2010）和區域發展的“三次本性”學說（2010,2012）等。後者被評價為發展了克魯格曼的新經濟地理學理論和陸大道的區域增長存在新因素觀點,被用於模擬經濟地理結構的進化.
在計算地理學方面，王錚發展了遙感圖像識別的統計學基礎認識（1987）、沈積盆地恢復的最優化算法（1990）、地理過程突變辨別方法（1990,1995,1996）、地理-經濟系統復雜性分析的多重ABS模型（2007，2008,2010）、氣候保護模擬分析的多國模型（2005~2010），發展了若幹空間運籌算法（2006~2010），提出了計算機實驗人文地理學的方法論。這些工作，集中反映在王錚的專著《計算地理學》中。
近年,結合地理學和管理學研究，王錚的主要研究工作集中在氣候變化的人地關系模型研究和國家與區域的宏觀政策模擬方面,同時致力於發展理論經濟地理學。
在氣候變化科學內：1991年提出中國歷史時期降水曲線變化（王錚，張丕遠，鄭景雲），發現2000年來中國的降水持續下降，但是1230年到1900年間降水已經平穩。1993年提出中國近2000年氣候變化的階段性，發現280’s，880’s和1230~1260’s存在氣候突變，而且1230與1260突變是中國歷史時期最大的突變（與張丕遠、劉嘯雷合作），後來進壹步確定這個突變發生在1245年前後（與吳靜合作）。1995年提出1830’s，1910’s存在氣候突變並且刻畫了現代氣候自然趨勢（與周清波，劉嘯雷合作）。1996年王錚、張丕遠提出中國近萬年氣溫變化曲線，並被收入國家歷史地圖集。1996年，王錚等（與張丕遠，劉嘯雷，劉燕華合作）發表文章論證氣候變化對中國人口分布的影響，發現了胡煥庸線在氣候變化下的波動，強調氣候溫暖期，中國北方垂直胡煥庸線的地帶性分異不明顯而是突出經度地帶性。這就影響了中國的歷史發展和朝代更替。2008年通過基於自主體的模擬進壹步論證胡煥庸人口分布線的形成不晚於1250年。1994，1998，2005年王錚通過計算模擬得到歷史氣候變化對中國農業生產潛力的影響。在氣候保護的經濟學方面，王錚發展了多國氣候保護政策影響經濟動力學模型、經濟平穩增長約束條件下碳排放高峰估計的動力學模型，提出了帶GDP溢出的多區域氣候變化經濟學評估系統(MRICES),並完成若幹政策模擬成果。
在經濟計算和政策模擬科學方面，王錚1997年模擬分析得出“人民幣沒有貶值必要而且貶值會帶來經濟體系混亂”的結論，1998年模擬分析中國合意城市化率為63%，城市化是新的經濟轉折點；1999年模擬得到糧食價格變動對中國糧食生產總產量影響不大，進而推斷糧食順價銷售不會給產量帶來明顯影響，並發表文章用數據說明教育產業化危害。2000年模擬發現，調整產業結構，中國不存在布朗預言的水資源危機。2000年後，王錚主持了完全自主知識產權的中國CGE、中國多區域CGE、多國經濟相互作用ABS、全國氣候保護政策模擬系統和SARS減災政策等政策模擬系統的研究，就氣候變化的農業影響、氣候保護經濟策略、氣候保護的宏觀經濟政策、人民幣匯率政策、國際地緣經濟政策、能源政策、水資源政策和匯率政策等開展了研究。
在理論經濟地理學領域,王錚的工作可以歸納為三點:
1)解決空間相互作的“封閉系統困境”，發展了經濟地理學第壹定律;2)發展區域溢出學說，構建新產業區位理論;.3 提出新經濟地理的三個本性學說，構建新學科體系.
在地理學領域和政策科學領域推進計算技術的實際應用是王錚的主要興趣點:王錚開展的計算地理學和計算經濟學模擬的成果與國家重大經濟發展問題關系的有：模擬評價了東海西湖凹陷（含春曉油田等）的成油條件，證實油田的成油條件，排除了對某油氣田成礦條件的懷疑（1990），模擬評價了亞洲金融危機中人民幣貶值的風險，否定人民幣貶值意見（1998），模擬評價了中國各氣候-地貌區的SARS流行條件，提出分區分期減災對策（2003），模擬評價了中國各市縣的艱苦邊遠性，提出公務員與教師津貼等級政策（2006）,模擬提出2009年中國應對經濟危機的投資重點應該放在中部(2009)。
2000年王錚及其課題組開始的模擬研究集中在全球氣候變化的人地關系領域，2012年發布的MRICES-2012是具有完全自主知識產權獲軟件著作權，它開拓了具人地關系協調功能的IAM計算傳統，模型包含GDP溢出，R&D溢出、內生技術進步、融資和地理工程調整等多種非線性動力學機制模塊，能對各種減排方案實時評價，可模擬各種應對對策。被聘請為IPCC第五次報告評審人員.