2.長期以來，在政府主導下我國的種業體制形成了大田作物品種選育以科研機構為主，種子生產經營以國有種子公司為主渠道，各級鄉鎮推廣機構為分銷網絡，瓜果、蔬菜、花卉等種子科研、生產、經營以科研機構、種子公司、私人種子公司、外國種子公司為主的格局。
我國育種機構的數量位居世界首位，與發達國家不同的是在我國承擔育種任務的主要是農業科研和教學單位，種子企業的育種能力很低，絕大多數的公司幾乎沒有研發機構和科研人員，種子企業只是把種子購進，充當銷售的“中間商”。育種科研單位和育種者個人對培育的新品種的知識產權自身保護能力較差，再加上科研經費有限，致使許多優良品種遭受侵權，以至於形成了育種的不如賣種的、搞科研的不如搞經營的怪現象，大大挫傷了農業科研人員的積極性，影響了我國的種業快速發展。
3.種子產業的規模和效益從市場容量來看，我國商品種子國內市場銷售額大約在200~300億元人民幣左右，居世界第二位；常年種子使用量在125億公斤左右；種子商品率為30%左右，約為發達國家的10%~20%.總的來說，種子市場容量較大，但是種子的商品率比較低，與發達國家有壹定差距。
4.行業過於分散，缺乏競爭力我國種子經營機構數量多，行業過於分散，集中程度差，僅國有種子公司就有27000多家，其他類型的種子公司就更多了。經營機構數量雖多，但是大多數經營規模狹小，經濟效益低，缺乏競爭力。
5.觀念落後，宏觀調控不力，市場化程度低我國的種子企業絕大多數是國有種子公司，長期在國家計劃經濟體制下生存，基本上都是封閉的經營，普遍缺乏市場競爭意識，觀念落後，機制僵化，缺乏先進的經營管理手段。