辦公室（市國防動員委員會科技動員辦公室）
負責機關文電、會務、機要、檔案、資產、政務公開、督查督辦和信訪、安全保密、信息化工作；負責國防科技動員工作；組織重大調研；承擔新聞發布工作。
政策法規處（行政許可服務處）
負責全局依法行政和規範性文件的審查工作；負責擬訂全市專利及相關知識產權保護與發展的法規、政策；負責專利及相關知識產權的宣傳、教育、培訓和信息統計工作；負責專利及相關知識產權工作的對外交流與合作；負責專利及相關知識產權行政執法工作；依法查處假冒專利侵權行為；調解專利及相關知識產權糾紛；組織知識產權執法協作機制的相關工作；負責軟科學年度研究計劃，組織軟科學研究成果評定。承擔部門行政許可服務職責。
發展計劃與財務處
組織擬訂全市科技發展規劃和年度計劃；提出科技計劃經費配置建議，牽頭擬訂市科技計劃及項目管理辦法，負責科技計劃項目實施的監督管理；負責國家、省科技計劃項目的組織推薦工作；負責科技評估管理和科技統計分析管理工作；負責機關財務工作，監督、指導直屬單位財務和國有資產管理工作；承擔市科技工作辦公室的具體工作。
科技事業與條件處
擬訂科技基礎設施、“三創”載體建設和科技體制改革的規劃和政策；會同有關方面提出科技資源合理配置的重大政策和措施建議；推進重大研發機構、重點實驗室、工程技術研究中心、科研條件平臺、科技企業孵化器和加速器等科技基礎設施建設和科技資源***享；編制和組織實施科技服務業發展計劃；負責科技事業費的分配和使用的管理工作；承辦市級自然科學研究機構、科技類民辦非企業單位登記前的審核；負責科研技術裝備、實驗動物管理工作；負責科技擁軍工作；承擔市科普聯席會議辦公室的具體工作。高新技術發展與產業化處（創新體系建設辦公室） 擬訂高新技術發展及其產業化的規劃和政策，培育戰略性新興產業發展；編制和組織實施全市高新技術研究發展計劃和政策引導類科技計劃；承擔國家、省級高新技術產業開發園區業務指導的有關工作；負責高新技術企業、省級高新技術產品和火炬計劃的組織申報及市級高新技術產品的認定工作；指導高新技術特色產業基地等科技創新創業載體的建設；推進產業技術創新聯盟建設，加快區域創新體系建設；參與科技金融促進工作，推進科技創新創業服務體系建設。
科技成果與技術市場處（產學研合作處）
負責擬訂促進科技成果轉化、發展技術市場、推進科技中介服務體系建設的有關政策；負責管理省重大科技成果轉化項目；擬訂科技成果登記、鑒定、推廣、交易的管理辦法以及科技保密管理辦法並組織實施；負責全市科技獎勵工作；擬訂促進技術市場發展政策；推進企業院士工作站建設；指導技術合同認定登記工作；承辦技術貿易機構設立登記前的審核事宜；擬訂推進產學研結合發展的規劃和政策；組織實施全市政產學研合作項目；聯系國內重點院校、科研院所及其在錫設立的事業單位和市重點產學研合作單位並承擔有關工作；負責區域科技合作，組織開展全市產學研合作成果展示洽談等國內科技合作交流工作；聯系駐錫的部、省屬科研院所的有關工作；承擔市產學研工作辦公室的具體工作。
農村科技與社會發展處
擬訂農業、農村和社會發展領域科技發展規劃和政策；編制並組織實施涉農和社會發展領域科技計劃和基礎研究計劃；組織實施現代農業科技創新工作；指導農業科技載體以及農業科技示範推廣基地的建設；負責科技扶貧工作，推動農業和農村科技進步；組織實施涉及資源環境、生物技術和醫藥衛生等社會發展領域和可持續發展綜合實驗區等科技工作。
信息處
負責制訂信息技術領域科技發展規劃並組織實施；擬訂推動信息領域技術進步的政策和措施；組織實施信息技術領域關鍵技術和前沿技術研究發展計劃；負責信息技術領域特色基地和科技園區建設；推動制造業信息化發展；管理無錫國家IC設計基地；負責組織申報技術先進型服務企業認定的有關工作；參與服務外包產業培育與發展工作。
知識產權綜合管理處
負責指導、協調全市專利及相關知識產權有關工作；負責申報和組織實施國家和省、市下達的專利及相關知識產權計劃項目；負責專利專項資金資助工作；負責組織國家和省、市專利獎項的申報、評選工作；負責專利市場的管理；會同有關部門指導全市專利及相關知識產權的無形資產評估及質押融資工作；承擔市知識產權聯席會議辦公室的具體工作。
國際科技合作處
擬訂國際科技合作與交流的政策措施；編制和組織實施市國際科技合作計劃，組織開展國際技術轉移工作；會同有關部門組織開展國際科技人才引進，推進其項目產業化；承辦全市對外科技交流合作中有關團組、人員出國（境）有關事項和國際科學技術展覽審核事項；承辦涉港澳臺科技合作與交流事宜；負責對外科技宣傳工作。
組織人事處（機關黨委）<!--end-->
承擔機關和直屬單位的機構編制、組織、人力資源管理；組織實施自然科學研究、知識產權等系列專業技術職稱評審工作；負責教育培訓和離退休幹部工作；會同有關部門擬訂科技人才引進和隊伍建設規劃，提出相關政策建議；承辦與中科院和工程院院士的聯絡工作。
機關黨委負責機關黨建工作。