2009年1月，經黨中央、國務院批準，中***中央辦公廳、國務院辦公廳印發了《新疆維吾爾自治區人民政府機構改革方案》。自治區人民政府機構改革後，設置工作部門42個，其中政府辦公廳和組成部門27個、直屬特設機構1個、直屬機構14個，另設置部門管理機構（規格為副廳級）6個。
新疆維吾爾自治區政府辦公廳 主詞條：新疆維吾爾自治區政府辦公廳新疆維吾爾自治區政府辦公廳是協助自治區人民政府領導同誌處理自治區人民政府日常工作的機構。根據中***中央辦公廳、國務院辦公廳《關於印發新疆維吾爾自治區人民政府機構改革方案的通知》(廳字〔2009〕7號)，設立新疆維吾爾自治區人民政府辦公廳(自治區人民政府參事室)，掛自治區人民政府參事室牌子，為協助自治區人民政府領導同誌處理自治區人民政府日常工作的機構。強化服務職責，加強應急、督查和電子政務工作，進壹步發揮參謀助手和運轉樞紐作用。增加指導、監督全區政務公開工作的職責。
新疆維吾爾自治區政府組成部門 主詞條：新疆維吾爾自治區政府組成部門新疆維吾爾自治區政府組成部門（25個）新疆維吾爾自治區發展和改革委員會 新疆維吾爾自治區經濟和信息化委員會 新疆維吾爾自治區教育廳 新疆維吾爾自治區科技廳 新疆維吾爾自治區民族事務委員會（宗教事務局） 新疆維吾爾自治區民族語言文字工作委員會 新疆維吾爾自治區公安廳 新疆維吾爾自治區監察廳 新疆維吾爾自治區民政廳 新疆維吾爾自治區司法廳 新疆維吾爾自治區財政廳 新疆維吾爾自治區人力資源和社會保障廳 新疆維吾爾自治區國土資源廳 新疆維吾爾自治區環境保護廳 新疆維吾爾自治區住房和城鄉建設廳 新疆維吾爾自治區交通廳 新疆維吾爾自治區水利廳 新疆維吾爾自治區農業廳 新疆維吾爾自治區林業廳 新疆維吾爾自治區畜牧廳 新疆維吾爾自治區商務廳 新疆維吾爾自治區文化廳 新疆維吾爾自治區衛生廳 新疆維吾爾自治區人口和計劃生育委員會 新疆維吾爾自治區審計廳自治區外事辦公室（僑辦） 新疆維吾爾自治區直屬特設機構 主詞條：新疆維吾爾自治區直屬特設機構新疆維吾爾自治區人民政府國有資產監督管理委員會，為自治區人民政府直屬正廳級特設機構。自治區人民政府授權自治區國資委代表自治區人民政府履行出資人職責。自治區國資委黨委履行自治區黨委規定的職責。加強指導推進國有企業改革和重組的職責，加快國有經濟布局和結構調整，推動國有資本更多地投向關系國家安全和國民經濟命脈的重要行業和關鍵領域。強化國有資產經營財務監督、風險控制和經濟責任審計的職責，進壹步完善所監管企業經營業績考核制度，促進企業履行社會責任。
新疆維吾爾自治區直屬機構 主詞條：新疆維吾爾自治區直屬機構新疆維吾爾自治區直屬機構自治區人民政府研究室（發展研究中心） 自治區安全生產監督管理局 自治區廣播電影電視局 自治區體育局 自治區統計局 自治區工商行政管理局 自治區新聞出版局（版權局 ） 自治區糧食局 自治區質量技術監督局 自治區食品藥品監督管理局 自治區金融工作辦公室 自治區旅遊局 自治區機關事務管理局 自治區人民政府人民防空辦公室 自治區扶貧開發辦公室 自治區地方稅務局 新疆維吾爾自治區管理機構 主詞條：新疆維吾爾自治區管理機構新疆維吾爾自治區管理機構自治區國家保密局 自治區人民政府法制辦 自治區貿易行業管理辦公室 自治區知識產權局 自治區監獄管理局 自治區鄉鎮企業管理局 自治區文物局 自治區煤田地質局 自治區社會保險管理局 自治區勞動教養管理局 自治區移民局 自治區農牧業機械管理局 自治區紡織工業行業管理辦公室 自治區機械電子工業行業管理辦公室 自治區石油化學工業行業管理辦公室 自治區人民政府研究發展中心 自治區建築材料行業管理辦公室 自治區輕工業行業管理辦公室 新疆維吾爾自治區政府議事辦事協調機構
自治區減輕企業負擔領導小組辦公室
自治區減輕企業負擔領導小組及其辦公室是根據《中***中央國務院關於治理向企業亂收費、亂罰款和各種攤派等問題的決定》（中發[1997]14號）和《自治區黨委辦公廳、自治區人民政府辦公廳關於治理向企業亂收費、亂罰款和各種攤派等問題的通知》（新黨辦[1997]27號）精神，經自治區人民政府批準成立的。 主要職責是：負責自治區治亂減負的工作指導、清理整頓、監督檢查、綜合協調及辦公室的日常工作；組織審核須報請自治區人民政府審批的項目；調查了解治理工作進展情況和存在問題，提出有關政策措施；負責領導小組會議籌備及有關文件的起草工作；負責清理向企業的各種攤派；組織有關政策問題的調研；會同有關部門調查處理典型案件及承辦領導小組交辦的其它工作。
新疆維吾爾自治區駐外機構 主詞條：新疆維吾爾自治區駐外機構上海辦事處、天津辦事處、深圳辦事處、廣州辦事處、浙江辦事處、山東辦事處、西安辦事處。
中央駐自治區政府機關 中央駐自治區政府機關（15個）新疆煤炭工業管理局（煤礦安全監察局）新疆維吾爾自治區地震局新疆維吾爾自治區郵政局烏魯木齊海關新疆維吾爾自治區國稅局民航烏魯木齊管理局新疆維吾爾自治區通信管理局中國證券監督管理委員會新疆監管局新疆出入境檢驗檢疫局中國人民銀行烏魯木齊中心支行中國銀行業監督管理委員會新疆監管局財政部駐新疆專員辦中國保險監督管理委員會新疆監管局烏魯木齊鐵路局新疆維吾爾自治區氣象局