1、受到了新冠疫情的影響。新冠疫情的2-3月帶來的育肥豬場工程建設延後、配種影響，1月的配種得到的是11月的出欄，當期的二元能繁母豬為17.3萬頭，2月的配種得到的是12月的出欄，當月的二元能繁母豬是20.2萬頭。
2、種豬質量參差不齊。因為在2019年開始進行三元回交，那麽目前整體的三元存欄育肥在15-20萬頭之間，這部分的生產效率是二元的70%。
3、母豬的頭胎生育能力較差。統稱為初娩母豬，產子數量較經產母豬會低，並且性情難以馴服，新希望因為是後起之秀，都是新的增量母豬，基本都是頭胎生產，這裏會有較大的產生效率降低，所以會導致10個月後的出欄放量不行。
4、生產人員都是新招的，業務不熟練。生產人員應急措施不完善，需要磨練。
今年以來，在養豬業務的加持下，新希望獲得資金高度追捧，股價從年初的最低15.53元壹路拉升至9月初的最高42.2元，期間大漲近1.5倍。可惜好景不長，新希望股價站上年內高位後，隨即便陷入回調，從9月2日到12月27日，新希望股價已經下跌超過50%，公司總市值蒸發近千億元。具體來看，新希望曾對外透露，四季度公司自產仔豬育肥在200萬頭左右，但截至11月份，公司自產仔豬育肥數量僅有58萬頭，與之前目標差距過大。
新希望方面承認，根據最新出欄情況看，四季度公司自產仔豬育肥大約在100-120萬頭之間，相比之前的計劃目標有些滯後。在養豬成本方面，新希望曾表示，今年年底公司自產仔豬育肥成本目標是13.6元/公斤，明年年底達到11-12元/公斤。然而，公司最新透露的11月份自產仔豬育肥成本是15.5元/公斤，環比10月份不降反增，這讓投資者心裏打起了鼓。
新希望解釋稱，主要原因是外購二元母豬成本較高，公司近期也主動淘汰了壹批低效種豬，以及公司育肥豬農戶代養比例還比較高等原因，導致近期生豬養殖成本較高。這就不得不提到種豬問題了，就像農民種地需要優質的種子壹樣，養豬也需要優質的種豬，可以毫不誇張的說，種豬就是養豬產業的“芯片”。遺憾的是，國內種豬仍被“卡脖子”，大多依賴進口。2020年國內種豬需求量約為5500萬頭，但國內的種豬數量僅有2400萬頭，缺口非常明顯。
今年在養豬熱潮帶動下，種豬的進口量或達到22000頭，創出歷史新高，未來數年甚至還會有所增加。對國外種豬的過分依賴，嚴重制約了國內養豬業的發展，新希望也深受其害。
目前，新希望也在自主育種，公司已投入5億生物資產，並表示爭取5年攻關。但育種工作是壹項長期工程，新希望能否在5年內研發出自主知識產權的“豬芯片”，目前還是未知數。