（1）保護的對象及條件
藥品專利的保護對象主要是藥品領域的新的發明創造，即技術創新，包括新開發的原料藥即活性成分、新的藥物制劑或復方、新的制備工藝或其改進。其中最重要的授權條件是新穎性、創造性和實用性。新穎性是指在申請日以前沒有同樣的藥品發明在國內外出版物上公開發表過、在國內公開使用過或者以其它方式為公眾所知，也沒有同樣的藥品發明由他人向國務院專利行政部門提出過申請並且記載在申請日以後公布的專利申請文件中；創造性是指同申請日以前的技術相比，該藥品發明有突出的實質性特點和顯著的進步；實用性是指該藥品發明能夠制造或者使用，並且能夠產生積極效果。由此可見，藥品專利保護的是世界範圍內最新的、付出了創造性的勞動後方才開發出來的藥品或制備工藝，而所有填補國內空白的仿制藥則不具有專利法意義上的新穎性，因此是不能得到專利保護的，這種要求顯然遠遠高於其它行政法規。然而，在實用性方面，藥品專利只要求該藥品或者制備工藝能夠在產業上應用，即具有產業化前景即可，而且，這種產業化應用主要是就其從技術上對疾病的治療效果而言，而不對其毒性及安全性進行嚴格的審查。壹般來講，為了搶時間，由動物試驗證明了藥品的治療效果後即可申請專利，而不必等到臨床試驗完成以後，在這方面，藥品專利的要求遠遠低於其它行政法規。
（2）保護的目的及作用
專利保護的目的是為了鼓勵發明創造，有利於發明創造的推廣應用，促進科學技術進步和創新。因此可以說，專利制度是在市場經濟條件下促進科研開發的壹種行之有效的激勵機制。概括地講，專利制度具有以下幾個作用：
壹是激勵發明創造的作用。發明創造需要風險投資，尤其是藥品發明，必須投入大量的人力、物力和資金，耗費大量的時間和創造性的勞動，才能獲得成功的可能，而壹旦開發出新藥，別人即可隨意仿制，發明人得不到任何回報，就會嚴重挫傷其積極性，以致於根本沒有人去主動開發新藥。而專利制度通過給發明創造者壹定時間獨占市場的權利，使其得到豐厚的回報，不僅能夠收回研究開發所付出的投入，而且還能得到壹定的收益，從而繼續開展新的發明創造活動，促進科學技術的發展和產品的更新換代。美國著名經濟學家曼斯菲爾德研究分析得出結論，如果沒有專利保護，60％的新藥品就不會被發明出來。
二是促進技術情報交流和有效配置技術創新資源的作用。如果沒有專利制度，新藥研究成果得不到充分的保護，開發者就不會公開其技術情報，從而無法避免別人的重復研究；另外，壹旦某人的新藥品或新工藝取得了較好的市場效益，眾人就會壹哄而上，爭相進行水平不高．的仿造，也會造成資源的浪費。而專利制度壹方面促進了技術情報的提前公開，使得人們可以在新的更高的起點上研究開發更新更好的藥品或工藝，可以大大避免低水平的重復研究；另壹方面，專利保護可以有效地制止仿制，使得人們不得不把有限的人力、物力和資金等資源用於研究開發新藥品和新工藝，由此提高了資源利用的效率。世界知識產權組織的研究結果表明，全世界最新的發明創造信息，90％以上是首先通過專利文獻披露的。在研究開發工作的各個階段註意利用專利文獻，不僅能夠提高研究開發的起點，而且能節約40％的科研開發經費和60％的研究開發時間。
三是促進科研成果產業化的作用。過去，在計劃經濟體制下，科研與生產嚴重脫節，科研機構普遍存在重論文輕市場的傾向，國家花費了巨大投資研究成功的科研成果常常以發表論文或評獎的形式而告結束，往往難以產業化，並沒有真正變成推動經濟發展的動力，從這種意義上講，這無疑也是國有資產的壹種巨大的浪費和流失。而專利制度則是市場經濟的產物，按照專利法的規定，發明人和專利權人只有在其發明創造實施也即產業化以後才能得到回報，這就有效地避免了前期投入的無端浪費，並且可以為以後的研究開發提供充足的資金來源，有利於形成壹種良性循環的科研體系。
四是為技術進出口貿易提供良好法律環境的作用。過去，由於沒有專利保護，外商在向我國企業出口先進技術時往往心存疑慮，或者借機索取高額附加費用；我國企業向外商出口技術時，由於沒有獲得專利權，信譽沒有保證，從而無法避免對方拼命壓價。而專利制度則可以提供較好的法律環境，有效地促進我國的技術進出口貿易。
（3）保護的期限和手段
按照現行專利法的規定，發明專利權的期限為20年，自申請日起計算。實際上，在自申請日起的20年中，又可以分為三個階段，其保護效力是逐步加強的。由於我國實行早期公開、延遲審查制，在壹種新藥品發明申請專利後但尚未向社會公開之前，其他人實際上還無法得知該發明的內容，因而就談不上侵犯專利權，如果有相同的藥品發明在此期間被公開制造，也不能要求對方賠償損失，原因是專利權尚未產生，而對方既不能再申請專利、也不能破壞該專利申請的新穎性，因此，該階段可以視為雙方互不幹涉的過渡期；在專利申請公開後但尚未授予專利權之前，由於公眾已經可以得知發明的內容，如果有人在此期間實施其發明，申請人就可以要求其支付適當的費用，此期間稱為臨時保護期；專利權被授予後，任何單位或者個人未經專利權人許可，都不得實施其專利，即不得為生產經營目的制造、使用、許諾銷售、銷售、進口其專利產品，或者使用其專利方法以及使用、許諾銷售、銷售、進口依照該專利方法直接獲得的產品，在此期間，如果有人未經許可而實施其專利，專利權人或利害關系人既可以向人民法院起訴，也可以請求專利管理機關對侵權人進行處理，要求其停止侵權行為並賠償損失。
按照專利法實施細則的規定，同樣的發明創造只能被授予壹項專利。因此，專利權具有獨占性。也就是說，專利保護的創新藥品是唯壹的，其獨占性可體現在對市場利益的壟斷，包括對創新藥品的生產、銷售、使用和進口的壟斷，其巨大的經濟利益是不言而喻的。
（4）司法救濟途徑
專利法規定，專利申請人對國務院專利行政部門駁回其專利申請的決定不服的，可以在規定的時間內向專利復審委員會請求復審。自國務院專利行政部門公告授予專利權之日起，任何單位或者個人認為該專利權的授予不符合專利法規定的，可以請求專利復審委員會宣告該專利權無效。當事人對專利復審委員會的決定不服的，都可以在規定的期限內向人民法院起訴。
由此可見，藥品的專利保護對新穎性的要求很高，但對實用性的要求較低。由於專利保護是符合人世後必須履行的TRIPS協議規定的國際規則的，其保護具有獨占性，法律效力是最強的，因而人世後還會不斷改進和發展。