GATT由於其產生背景的特殊性，在其發展過程中不可避免地存在著壹些局限性，而最終導致被WTO取代，這是歷史發展必然。總協定的局限性主要表現在以下幾個方面：
1．GATT在成立之初就是壹個“臨時協定”。
1948年1月1日生效後，逐步演變成壹個越來越龐大的國際組織，但又不是正式的國際組織，只能算壹個準國際組織。
2．GATT的許多規則不嚴密，執行起來有很大空隙，有些缺乏法律的約束力。
壹些國家按照各自的利益理解協定條文。總協定又缺乏必要的核查和監督手段。如總協定“用傾銷手段將壹國產品以低於正常價值的辦法進入另壹國國內市場，如因此對某壹國領土內已建立的某項工業造成實質性損害或產生實質性威脅”的規定，實際執行起來很難界定。於是壹些國家就用國內立法來征收傾銷稅，使其成為這些國家推行貿易保護主義的重要手段。後來“東京回合”雖補充了有關的多邊協議，但貿易保護主義浪潮叠起。
3．GATT中還存在著大量“灰色區域”，有很多例外。
某些締約國違背GATT的原則，用國內立法和行政措施來對別國實行貿易歧視。它們利用“灰色區域”，通過雙邊安排，強迫別國接受某些產品的出口限制的事屢見不鮮。由於GATT原則的例外過多，致使許多原則不能得到很好的貫徹實施。例外過多和濫用例外，已侵害到GATT的壹些基本原則。盡管GATT在關稅減讓方面成績顯著，但由於總協定中存在著漏洞，許多締約國便繞開關稅采用非關稅壁壘。盡管規定了壹般取消數量限制，但由於例外，數量限制仍是貿易保護主義的主要手段。
4．解決糾紛常常無法議決，難以取得實際成效。
GATT在解決國際經濟貿易糾紛上，起到了不小的作用。但GATT解決國際經濟貿易糾紛的主要手段是協商，最後是締約方的聯合行動。至今沒有具有法律約束性的強制手段，這就使許多重大國際貿易爭端無法解決。
鑒於GATT的局限性，各締約方普遍認為有必要在GATT基礎上建立壹個正式的國際經貿組織，來協調、監督、執行烏拉圭回合的成果。
1990年初，歐***體輪值主席國意大利提出建立多邊貿易組織的倡議。7月9日，歐***體把這壹倡議以12個成員國的名義向烏拉圭回合談判體制職能談判小組正式提出。同年4月，加拿大也非正式地提出建立壹個體制機構。瑞士與美國也分別於1990年5月17日和10月18日，向GATT體制職能談判小組正式提出過提案，這些設想從各自不同的角度提出未來國際貿易組織機構的職責及性質。
經過磋商，1990年12月，在烏拉圭回合布魯塞爾部長級會議上，貿易談判委員會提議起草壹個組織性決議。為此，“建立多邊貿易組織協定”成為1992年12月的烏拉圭回合最終協議草案的壹個有機組成部分。經過兩年多的修改和各談判方的討價還價後，1993年11月，烏拉圭回合談判結束前，各方原則上形成了“建立多邊貿易組織協定”。在美國代表的提議下，決定將“多邊貿易組織”易名為“世界貿易組織”（World Trade Organization）。 1993年12月15日，烏拉圭回合談判勝利結束。1994年4月15日，在摩洛哥的馬拉喀什召開的GATT部長會議上，烏拉圭回合談判的各項議題的協議均獲通過，並采取“壹攬子”方式（無保留例外）加以接受。經104個參加方政府代表簽署，1995年1月1日正式生效。至此，根據其中的《建立世界貿易組織協定》的規定，1995年1月1日WTO正式成立，1995年、與1947年的GATT***存壹年後，擔當起全球經濟貿易組織的角色，發揮其積極作用。
WTO在成立伊始便面臨著諸多矛盾和重重困難，甚至當WTO誕生的時候，連總幹事都沒有能夠推選出來。在總幹事的人選問題上，美國與歐盟之間存在著激烈的矛盾。由於種種原因，美國最後同意了由歐盟推舉的意大利前貿易部長雷納托·魯傑羅出任總幹事。魯傑羅於1995年5月1日正式上任。1999年4月30日，WTO首任總幹事任期屆滿，各國對新的總幹事人選又發生諸多爭議。最後經多方協調，才決定由新西蘭的邁克爾·穆爾擔任前兩年總幹事，泰國的素帕猜任後兩年總幹事。
WTO繼承了GATT的基本原則和精神，但是它與GATT之間存在著重要的差別，主要表現是：
壹是GATT是臨時生效的，從未經過締約方各國或地區議會的法律批準，它不是壹個實質性的組織，而WTO則是壹個正式的組織，其協議是永久性的，其成員國或地區都在法律上批準了WTO的協議。
二是WTO的法律規定是強制性的，而GATT的法律規定則是非強制性的，只具有規勸性。
三是GATT的功能主要在於處理國際間的貨物貿易，而WTO還適用服務貿易和知識產權等其他領域。
四是WTO的爭端解決體制比GATT體制更有效率，大大縮短了解決國際貿易爭端的時間。