對於地理標誌和原產地名稱的管理和保護，中國有兩種不同的管理模式和方法:
第壹種由國家工商行政管理總局商標局依據《商標法》、《商標法實施條例》和《集體商標、證明商標註冊管理辦法》進行管理和保護。1995年3月實施的《集體商標、證明商標註冊管理辦法》中對證明商標的明確定義，提到了原產地的概念，受理原產地證明商標申請，距今已有多年。1999之前，商標法在我國地理標誌保護中起主導作用。
另壹種是國家質檢總局根據《原產地地理產品保護條例》從8月1999開始實施，旨在彌補僅依據《商標法》保護原產地地理產品存在的缺陷，目前已逐漸受到重視。
上述兩種保護和管理模式的區別如下:
(1)商標保護的形式表明:
TRIPS協議強調知識產權的私權地位，而地理標誌屬於知識產權的範疇。地理標誌(原產地名稱)是表明商品來源的標記，從法律屬性上來說屬於知識產權的範疇，是私權的壹種。通過商標制度保護地理標誌完全符合TRIPS協議的要求。我國《商標法》界定的地理標誌與《TRIPS協定》界定的地理標誌基本相同，都是具有原產地特征的特殊地理標誌，應受到《商標法》的保護。
地理標誌和商標具有相同的基本功能，都是區分商品來源的商業標記。商標類別中的證明商標除了表明來源外，還具有與地理標誌相同的功能，特別是原產地名稱，因此可以作為證明商標的壹種形式予以接受。
從證明商標的定義來看，地理標誌(原產地名稱)在我國屬於證明商標的範疇。原產地證書商標的註冊和保護可以有效提高產品在國內外市場的知名度和競爭力。
通過證明商標形式來保護地理標誌(原產地名稱)，使現有的商標法律制度充分發揮作用，比不投入太多資源建立新的制度要容易得多。
地理標誌(原產地名稱)在中國註冊證明商標後，只能根據中國加入的國際條約(《商標國際註冊馬德裏協定》及《馬德裏協定》相關議定書)進行國際註冊，可以充分利用優先權的規定盡快獲得國際註冊，有利於商標註冊人在國內和國際貿易中運用法律武器保護自己的權益。根據國際慣例，原產地名稱與商標權發生沖突時，必須實行“申請在先”的原則。因此，我國現在采用成熟的商標註冊管理制度來保護原產地證書商標，既可以充分發揮現有制度和人員的優勢，節省單獨設立部門的物力和人力，也可以充分利用完整的註冊商標檔案體系，避免原產地證書商標與註冊在先商標權的沖突。
(2)質量保護的形式是:
原產地名稱和商標的屬性完全不同。原產地地理標誌是壹個地區的名稱，屬於這個地區，不能由特定的企業或個人壟斷。商標是私權，可以是個人所有，也可以是單個企業所有。以商標的形式保護原產地地理標誌，解決不了產權歸屬問題。
地理標誌是壹種特殊的商業標誌，與商標不同的是，它不是由所屬的某壹經營者獨享，而是由某壹地區的經營者代表機構註冊管理，該地區的所有經營者都可以使用；
地理標誌是唯壹的，不能轉讓或交易，在時間上是永久的。而商標則可以自由轉讓，權利的保護是有時間限制的。因此，商標法的保護不能保證地理標誌的唯壹性和永久性。
地理標誌不僅僅是壹個簡單的識別標誌，更是壹個質量標準，商標法在管理制度和方法上不能保證產品的質量和信譽。對原產地名稱的保護壹方面是對標識的保護，但更重要的是對質量的監督和對生產過程的控制。