(三)職工福利費、工會經費和職工教育經費方面，實施條例繼續維持此前的扣除標準(提取比例分別為14%、2%、2.5%)，但將“應納稅工資總額”調整為“工資薪金總額”，扣除額相應增加。在職工教育經費方面，為鼓勵企業加強職工教育投入，實施條例規定，除國務院財政稅務主管部門另有規定外，企業發生的職工教育經費不超過工資薪金總額2.5%的部分，準予扣除；超出部分應允許結轉並在未來納稅年度扣除。
(4)捐贈扣除。納稅人的公益性和救濟性捐贈，在年度會計利潤12%以內的，允許扣除。超過12%的部分不予扣除。
(5)業務招待費的扣除。業務招待費是指納稅人為生產經營的合理需要而發生的社會招待費。根據稅法規定，納稅人發生的與生產經營有關的業務招待費，應當在下列限額內扣除:。《企業所得稅法實施條例》第四十三條進壹步明確，企業發生的與生產經營有關的業務招待費，按照發生額的60%扣除，但最高不得超過當年銷售額(營業收入)的5‰，也就是說，稅法采用“兩證合壹”的方法。壹方面，企業發生的業務招待費只允許列支到60%，以區分業務招待費和個人消費，通過設計統壹的比例去除業務招待費的個人消費部分；另壹方面，最高扣除額限定為當年銷售(營業)收入的5‰，用於防止部分企業為了不增加40%的業務招待費，使用多開的發票甚至假發票來抵扣業務招待費。
(六)職工養老基金和失業保險基金的扣除。允許在省級稅務機關核定的比例和基數內，計算應納稅所得額時扣除職工養老基金和失業保險基金。
(7)扣減殘疾人保障基金。納稅人按照當地政府規定繳納的殘疾人保障金，允許在計算應納稅所得額時扣除。
(8)扣除財產和運輸保險費。納稅人支付的財產。運輸保險費允許在計稅時扣除。但保險公司給予納稅人的無賠款優待，應計入企業應納稅所得額。
(9)扣除固定資產租賃費。納稅人以經營租賃形式租入的固定資產租賃費，可以在稅前直接扣除；以融資租賃方式租入的固定資產租賃費，不得直接在稅前扣除，但租賃費中的利息支出除外。手續費可以在付款時直接扣除。
(10)計提壞賬準備、壞賬準備、商品折扣準備的扣除。納稅人提取的呆賬準備和壞賬準備，允許在計算應納稅所得額時扣除。提取標準暫按財務制度執行。納稅人提取的商品折扣準備金，允許在計稅時扣除。
(11)固定資產轉讓支出扣除。納稅人轉讓固定資產支出是指轉讓或出售固定資產時發生的清理費用等支出。納稅人轉讓固定資產的支出，允許在計稅時扣除。
(12)扣除固定資產和流動資產因存貨損失、毀損、報廢而發生的凈損失。納稅人因盤虧、毀損、報廢造成的固定資產凈損失，應在納稅人提供盤虧資料並經主管稅務機關審核後扣除。這裏所說的凈損失不包括企業固定資產的變價收入。納稅人因存貨損失、毀損或報廢而發生的流動資產凈損失，應在納稅人提供存貨資料並經主管稅務機關審核後，在稅前扣除。
(13)總行管理費扣款。納稅人向總機構支付的與企業生產經營有關的管理費，應提供總機構出具的管理費征收範圍、定額、分配依據和方法的證明文件，經主管稅務機關審核後準予扣除。
(14)債務利息收入的扣除。納稅人購買債務利息所得不計入應納稅所得額。
(15)扣除其他收入。包括各種財政補貼收入、減征或退還的流轉稅，除中華人民共和國國務院、財政部、國家稅務總局規定可以不計入應納稅所得額的以外，其余應並入企業應納稅所得額計算納稅。
(16)損失賠償扣款。納稅人每年發生的虧損可以用下壹年度的收入彌補。下壹納稅年度所得不足的，可以逐年彌補，但最長不得超過5年。