契稅發票丟失是可以補辦的。按現行補辦契稅要求：
1、納稅人應持本人身份證（原件）向原辦理契證窗口提出申請後，領取壹張掛失契稅完稅證明通知單；
2、然後在當地報紙上刊登遺失聲明；
3、遺失聲明見報兩個月後，本人再持身份證（原件）及遺失聲明（原件）等手續補辦契稅完稅證明。
《中華人民***和國契稅法》第七條
省、自治區、直轄市可以決定對下列情形免征或者減征契稅：
（壹）因土地、房屋被縣級以上人民政府征收、征用，重新承受土地、房屋權屬；
（二）因不可抗力滅失住房，重新承受住房權屬。
前款規定的免征或者減征契稅的具體辦法，由省、自治區、直轄市人民政府提出，報同級人民代表大會常務委員會決定，並報全國人民代表大會常務委員會和國務院備案。
法律依據
《中華人民***和國稅收征收管理法》
第三十二條 納稅人未按照規定期限繳納稅款的，扣繳義務人未按照規定期限解繳稅款的，稅務機關除責令限期繳納外，從滯納稅款之日起，按日加收滯納稅款萬分之五的滯納金。