壹是“電子公文"的規範性對辦大過程的個性化提出了挑戰。壹般發文，首先是擬稿，紙質公文擬稿和電子公文的擬稿大致是壹樣的，都是由承辦人起草，由部門負責人審核，都是要領會上級意圖、收集資料，再起草公文，不同的只是壹個在紙上書寫，另壹個直接用電腦操作。紙質公文是承辦人員直接用書寫的方式在紙上表達出來，電子公文則是由承辦人員在電腦上打印出來的，它不僅為秘書人員節省了大量的收集資料的時間，更可以在電腦上完成擬稿、審核、簽發、打印、存檔這壹系列的工作環節。壹般來說，電子公文的審核要比紙質公文的審核簡單壹些。紙質公文要將擬寫好的初稿送領導審批，而常常會遇到領導外出、開會等情況無法及時送審。而電子公文，秘書人員可以直接通過專網將文稿發送到領導的郵箱，領導只要上網就可以直接審批了。網上辦文要求更加規範，盡可能地優化操作環節，提高運轉效率。更值得壹提的是電子公文的標準化。按照《國家行政機關公大格式》標準，在電子公文處理系統中可自動生成行政機關各個文種的格式，可自動按規範化的程序排列主送、抄送單位等，與傳統的辦文手段相比，要求我們更加規範、更加標準、更加科學地處理公文。
二是“電子公文"的壹體性對各單位的檔案工作提出了挑戰。文檔壹體化是電子公文的特性。電子公文傳輸實際上就是在專用的通信平臺上安全收發加密的電子郵件，電子公文傳輸可以實現壹"點"對多"點"的收發功能，簡單化處理了繁雜的工作環節和程序，推動了公文內容的有效快速傳達，這不僅是傳統發文方式的變革，而且帶來了機關辦公方式的轉變。目前電子公文傳輸管理通常要求接收單位接收電子公文後，通過彩色打印機，打印成紙質公文，再進入辦文過程。實際上，傳輸的電子公文應直接進入本單位的電子公文運轉管理系統，實現公文要素的轉換，同時應實現文檔壹體化，電子公文辦理完畢後，直接將公文的基本信息轉換到檔案管理系統。對於電子公文的歸檔管理，可以分為兩個階段，第壹個階段是先將紙質公文與電子公文拷貝雙重歸檔。該方法是用可脫機保存的載體將電子公文備份下來，以紙頁與磁盤制成雙重備份，分別歸檔管理，但要保持壹定聯系。這樣，可以利用紙質公文將電子公文的內容固定，解決電子公文屬於被修改的問題，確保電子公文的法律效應。第二階段是逐步實現文檔壹體化。該方法是將檔案管理工作提前介入電子公文的運作與管理，將電子公文與電子檔案管理統壹起來，有利於對電子公文的形成、收集、積累鑒定、歸檔及歸檔後的電子檔案的保管與利用實行全過程管理，從而確保電子公文的真實性、完整性和有效性。
三是“電子公文”的***享性對文件使用的權限提出了挑戰。公文資源的***享與保密始終是壹對矛盾。要解決好這個問題，必須加強安全保密工作。電子公文可以同時滿足多用戶***享要求，但公文的***享並不是沒有限制的，而是只能經提供給核準的人員使用。在電子公文處理系統中應建立安全可靠的加密機制和分級權限控制，並對登錄的所有人員的工作時間、操作過程、擬稿和修改的內容進行全過程的跟蹤和登記。此外，不論任何公文數據，系統必須確保其安全，以防止由於硬件的偶然故障或人為損壞所引起的數據丟失。為確保數據安全，做好數據備份工作也是至關重要的。只有做到保密要求的永恒性，才能保證公文資源的***享性。
面對上述挑戰，我們必須爭取積極的對策：
首先，要增強緊迫感，加速培養復合型人才。現在，各級黨政部門、大小企業、公司都配置了電腦，可以在電腦上辦公。對每壹個從事公文工作的人員來說，處在這個網絡時代，應當懷著壹種強烈的緊迫感，要不斷地學習掌握新知識、新技能。只有這樣，才能很好的駕馭它，不被它所淘汰。長期以來，壹些人認為公文處理電子化就是辦公室內的文字處理電腦化，我們要從根本上改變這壹觀念。要勇於面對挑戰，接受挑戰。要不斷的跟上社會的進步腳步，去完善我們文秘人員的職責。要想做新時代的復合型人才，我們就必須熟練的做到公文處理電子化，熟悉公文處理業務，又能快速掌握現代信息技術。
其次，要提高科學性，盡快制定統壹的標準。以往與公文有關的國家標準或辦法主要有《國家行政機關公文格式》和《國家行政機關公文處理辦法》，這些多是針對紙質公文制定的。雖然對電子公文也有所考慮，但這方面的規範還十分簡單和粗疏，無法適應公文處理電子化的需要。應盡快提出新的標準和辦法，使得全國的標準統壹。另外，人們對於電子公文的開發和利用也還缺乏正確的認識，重硬件、輕軟件、重建設、輕應用、重網絡、輕信息的現象仍然存在。長期以來各級黨政信息部門的大量建設資金投入到硬件建設上，應用部門缺乏信息收集、更新、深加工的專項資金和技術。有關部門應與技術人員多溝通，加大協調力度，多開發社會需要的系統軟件。
最後，要實現法制化，有效提供法律性保障。電子公文處理是較為復雜的系統，其復雜度體現在兩個方面：首先，公文系統是壹個縱向、橫向交錯的綜合結構系統。從縱向看，公文系統被多級組織***同使用;從橫向看，公文系統被同級的多個職能部門***同使用，不同組織級別的公文系統具有不同特點，不同組織級別的公文處理流程有較大的差異，由於受到多方面因素的影響變得復雜多樣。由於這個特殊性，我們在送達、接收文件時，需要設置壹定的權限，譬如說電子簽名、電子簽章或電子指紋，經確認後才能打開文件。與此同時，我國電子公文尚不具備與紙質公文同等的法定效力，這是當前迫切需要解決的問題。目前，法律地位的不確定，對電子公文的發展使用帶來了許多麻煩，從而阻擋了電子公文發展的前進方向。解決了這個問題，電子公文無論是權威性還是可信度都具有了很強的法定效力，是被法律所認同的公文。電子公文還有壹特殊認證，那就是電子印章。對於紙質公文來說，印章是公文生效的重要標誌，而電子公文也是通過印章來認定公文生效的，電子印章是通過專用軟件生成的，並且需要較為昂貴的彩色激光打印機。以往電子印章和紙質公文所用的印章不完全相同，經過技術人員的改造，現在這壹問題已經得到解決，有了可喜的前景。