三、 直接提供國際貨物運輸代理服務免征增值稅優惠
106號文附件3《營業稅改征增值稅試點過渡政策的規定》中明確對國際貨物運輸代理服務免征增值稅：
壹、（十四）規定：試點納稅人提供的國際貨物運輸代理服務免征增值稅，並按以下規定執行。
1．試點納稅人提供國際貨物運輸代理服務，向委托方收取的全部國際貨物運輸代理服務收入，以及向國際運輸承運人支付的國際運輸費用，必須通過金融機構進行結算。
分析：即現金交易的稅局不認，不好證明。辦理支付結算應通過央行批準的金融機構進行。
2．試點納稅人為大陸與香港、澳門、臺灣地區之間的貨物運輸提供的貨物運輸代理服務參照國際貨物運輸代理服務有關規定執行。
分析：即往來港澳臺的業務也屬於國際貨代業務範疇享受免稅政策。
3. 委托方索取發票的，試點納稅人應當就國際貨物運輸代理服務收入向委托方全額開具增值稅普通發票。
分析：這條規定貨代企業享受免稅可以開具增值稅普通發票，同時不得抵扣進項稅。是否要享受免稅優惠，貨代企業需進行衡量後再做決定，因為如果開普票的話，客戶無法取得專票抵扣，會不會直接提出“誰開專票業務給誰做？雖然免稅政策國家財稅主管部門對國際貨代行業的政策支持，但是否享受貨代企業還必須慎重作出選擇。
4．本規定自2013年8月1日起執行。2013年8月1日至本規定發布之日前，已開具增值稅專用發票的，應將專用發票追回後方可適用本規定。
分析：由於根據第三條規定享受免稅只能開具增值稅普通發票，如果已經開具增值稅專用發票必須追回方可享受免稅，此條規定也算合理。本條追溯適用的影響不可低估，因為該規定有望使納稅人獲得大量的已繳增值稅退還，但同時這項舉措可能帶來的商業影響亦需審慎考量：即在實際操作中能否追回增值稅專用發票，如果對方已經用於抵扣進項稅將如何進行追回；獲得退稅後，是否需要，以及如何將服務接受者之前已負擔的增值稅款退還給對方。
四、間接提供國際貨物運輸代理服務免征增值稅
106號文將國際貨物運輸代理服務的免稅範圍，限定在直接與國際運輸單位發生業務的代理環節。該政策出臺後，導致提供國際貨物運輸代理服務的納稅人稅負上升，總局為解決這壹問題，出臺《關於國際貨物運輸代理服務有關增值稅問題的公告》國家稅務總局公告2014年第42號規定，自2014年9月1日起間接提供國際貨物運輸代理服務也屬於免征增值稅的範圍。
具體為：試點納稅人通過其他代理人，間接為委托人辦理貨物的國際運輸、從事國際運輸的運輸工具進出港口、聯系安排引航、靠泊、裝卸等貨物和船舶代理相關業務手續，可按照有關規定免征增值稅。
試點納稅人提供上述國際貨物運輸代理服務，向委托人收取的全部代理服務收入，以及向其他代理人支付的全部代理費用，必須通過金融機構進行結算。
試點納稅人為大陸與香港、澳門、臺灣地區之間的貨物運輸間接提供的貨物運輸代理服務也免征增值稅。
註意：享受免征增值稅優惠後不得開具增值稅專用發票。
更詳細參考神州財稅網法規庫：/ntax/apps/case/index.php/Article/displayArticle/ArticleID/8361