獨立性是保證內部審計人員切實有效地履行職責，自主地、客觀地開展工作，以取得內部審計工作的預期效果，幫助企業實現目標發揮應有作用的基礎。對此，必須加以保證。
措施：
1.建立完善的公司治理結構，合理設置內部審計機構。隨著我國社會主義市場經濟體制改革的逐步深入，公司法人治理結構也逐步健全完善，內部審計已成為法人治理結構的有機組成部分。因此，建立完善的公司治理結構，合理設置內部審計機構，是企業領導者經營管理理念成熟的表現。健全的內部審計機構，必須是壹個獨立的、直接隸屬於企業法人的監督管理機構。內部審計機構在企業中處於較高的層次，可以保證內部審計充分發揮職能作用，內部審計的獨立性、權威性才能得到真正體現。
2.加強內部審計的法制建設，提高內部審計工作地位。抓緊制定內部審計的法規條例，將內部審計制度用法律法規的形式固定下來，用法律規定內審機構的地位、結構、層次，使內部審計納入法制化軌道，用法律保障內部審計的獨立性，用法律的形式明確內部審計人員的法律責任和權利。只有內部審計的法制建設完善了，內部審計的獨立性才能得到真正的保障。
3.加強內部審計隊伍建設，提高內部審計人員素質。首先，必須對內部審計人員進行職業道德教育，提高其道德修養和政策水平，牢固掌握國家財經法紀和企業規章制度，才能對企業財務收支和經營管理活動進行有效審計和客觀、公正的評價，為企業經營管理者提供生產經營決策的科學依據。其次，要使其有較強的業務能力。內部審計人員必須熟悉會計、審計、法律、稅務、外貿、金融、基建、企業管理等方面的知識，要將實踐經驗豐富，業務水平較高的人員充實到內部審計隊伍中。
4.內部審計獨立性的增強，重在自身的有所作為。常言說：“有為”才能“有位”。內部審計的獨立性必須依靠內審部門和內審人員自身良好的工作成效來爭取、來確立。要“以為爭位”，就應當做到：壹是審計的務實性要強。內部審計要抓住單位或企業經濟活動、經營發展中的關鍵環節，突出審計重點，使內部審計能夠在企業經濟活動中起到保駕護航、鋪路搭橋的作用。二是審計過程要規範。要建立規範的內部審計程序，切實做到依法審計，按照國家的法規、企業的制度要求，按照企業經營管理及領導者的要求開展審計業務。三是審計結果實效性要突出。內部審計在很大程度上是壹種效益審計，能否通過審計規避經營風險、促進經營發展，是衡量內部審計有效性的關鍵，只有做到這壹點，內部審計才能在監督和服務中做到“眼睛明”、“監控靈”。