網上申報和網上報稅銜接申報流程為：納稅人防偽稅控IC卡抄稅—防偽稅控遠程報稅，等待比對—增值稅網上申報及扣款—防偽稅控遠程抄報確認清卡，請按照此流程順序正確操作。
第壹部分：防偽稅控IC卡抄稅。
這壹部分與每個月報稅期進行的征期抄稅相同，抄稅後可以在“狀態查詢”中看到“報稅資料”變為“有”。
第二部分：防偽稅控遠程報稅，等待比對。
選擇“遠程抄稅”模塊，點擊“報稅狀態”按鈕，看到“可以進行遠程抄報”提示，點擊“確定”按鈕後，點擊“遠程報稅”按鈕，這時防偽稅控開票系統開始向稅務局傳送報稅數據。
數據提交成功後，企業可查看傳送報稅數據是否成功，方法是：
點擊“報稅結果”，如果處理狀態為“已處理”且錯誤號為“271D”,說明上傳成功。這時，防偽稅控開票系統需要等待電子申報數據的上傳。
第三部分：增值稅網上申報及扣款。
企業以“證書登錄”方式登錄網上納稅申報系統後，系統會自動下載當前征期的報表，點擊軟件左側“報表”標簽，系統自動顯示已核定稅種的申報表。
申報數據上傳成功後，在左側報表菜單欄中選中已經上傳過的稅種，點擊上方工具條中“受理結果”選項，如果無稅則提示“申報成功”字樣。如果有稅，且簽訂三方協議的納稅人，將提示是否扣款，扣稅成功後提示“扣款成功” 字樣，如果提示“扣款失敗”字樣，請於征收期內，攜帶申報資料到主管征收機關處理。未簽訂三方協議的納稅人則提示打印“通用銀行繳款憑證”，請納稅人攜帶“通用銀行繳款憑證”到開戶行繳納稅款。
溫馨提示：申報狀態為“申報成功”（無稅款）或“扣款成功”（有稅款）時，用標準A4紙打印申報表，會在報表左下角生成由數字和字母組成的32位防偽碼。防偽碼將作為申報成功的憑證。
其他操作如新建報表、填寫報表、打印報表、查詢繳款憑征、稅庫銀聯網扣款、數據備份與恢復等具體操作說明，登錄網上納稅申報系統後點擊“幫助”菜單中“系統幫助”，在彈出窗口中的“第五章軟件功能使用說明”進行了詳細描述。
第四部分：防偽稅控遠程抄報，確認清卡。
選擇“遠程抄稅”模塊，點擊“報稅狀態”按鈕，看到“可以進行遠程抄報”提示後，點擊“確定”按鈕。
點擊“報稅結果”，如果報稅結果為“報稅成功”且錯誤號為“0000”,說明防偽稅控開票數據與電子申報比對成功，可以進行清卡操作。
點擊“清卡操作”按鈕，提示清卡操作成功後，查看“狀態查詢”的“報稅資料”項應變為“無”。
註意：每次進入“遠程抄稅”模塊都必須操作“報稅狀態”後，才能進行後面功能的操作。
請務必在申報期內進行防偽稅控清卡工作。