稅務機關應當依法退還納稅人多繳稅款。根據稅收征管法第51條:
1.納稅人超過應納稅額繳納的稅款，經稅務機關發現後，應當立即退還；
2.納稅人自匯算清繳稅款之日起3年內發現的，可以請求稅務機關退還多繳稅款，並加計銀行同期存款利息，稅務機關及時核實後應當立即退還；
3、涉及退出國庫的，按照有關國庫管理的法律、行政法規的規定辦理。
方法二:抵扣應納稅款。
為了減少流程，多繳稅款壹般采用先抵稅後退稅的方式處理。
多繳納企業所得稅的，根據國稅發〔2009〕79號第十壹條規定，納稅人預繳的企業所得稅超過納稅年度應納稅額的，主管稅務機關應當按照有關規定及時退稅，或者經納稅人同意，抵扣下壹年度應繳納的企業所得稅。
具體來說，多繳的稅款可以抵扣以後年度的稅款，在季度企業所得稅申報表16行預繳時抵扣。年度納稅申報表結算時，扣除額將填入主表第37行“本年多繳的以前年度所得稅扣除額”。
法律依據:《中華人民共和國個人所得稅法》第壹條在中國境內有住所或者無住所，在壹個納稅年度內在中國境內居住累計滿183日的個人，為居民個人。居民個人從中國境內、境外取得的所得，依照本法的規定繳納個人所得稅。在中國境內既無住所又無居所，或者壹個納稅年度內在中國境內居住不滿183日的個人，為非居民個人。非居民個人從中國取得的所得，依照本法規定繳納個人所得稅。納稅年度自公歷1月1日起至12月31日止。