近年來，按總局的要求，各級國稅機關都將稅收分析工作擺上了重要的議事日程，促進了稅收征管質量和效率的提高，堵塞了征管漏洞，增加了稅收收入，但在稅收分析中存在壹些不容忽視的問題，主要表現在：稅收分析制度不完善，信息資料不完整，分析方法不得當，人員素質不夠高等等，這些問題的存在，使稅收分析在組織國稅收入、加強稅收征管的作用未得到應有的發揮。做好當前的稅收分析工作必須解決以下幾方面問題：
壹、加強制度建設，健全稅收分析制度。
完善的稅收分析制度是做好稅收分析工作的前提，由於稅收分析工作是近年來才引起各級稅務部門重視的壹項工作，各級稅務機關特別的基層稅務機關對如何做好這項工作，如何將其納入日常征管工作，如何將這項工作制度化、規範化可以說是無章可循，所以基層稅務機關要按照總局提出的“壹個重點四個體系”的要求，建立好以下三方面基本制度：
壹是稅源調查制度。把稅收分析工作落實到日常征管中，將其作為責任區人員工作的壹部分，對納稅人收入異常情況、稅負異常情況及時開展調查。
二是稅收分析報告和通報制度。基層國稅機關要按月度進行稅收分析報告和通報，按季度召開專題會議分析，不定期開展稅源專題分析，及時準確地反映稅收收入情況和存在的問題，當某行業或某企業收入發生異常波動或出現重大問題時，要及時向上級機關報告。
三是建立稅收分析層級管理制度。建立各級稅務機關稅收分析框架，明確各級部門開展稅收分析工作的職責和重點，不斷研究和運用科學的經濟稅收分析方法，規範稅收分析規程，加強指導和監督，建立經濟稅收分析工作長效機制。全面提升稅收分析水平，更好地發揮稅收分析工作為組織收入服務，為加強征管服務，為稅制改革服務，為宏觀調控服務。
二、加強協調配合，擴大信息來源渠道。
真實、準確、完整的涉稅信息是做好稅收分析的前提和基礎。目前少數企業受利益的驅動，采取做假帳、兩本賬等手段偷逃國家稅款，提供給稅務機關的往往是虛假的、不完整的涉稅資料，利用這些資料分析出的結果必然是片面的、不真實的。基層國稅機關要主動與當地的公安、工商、地稅、電力、交通運輸、發改委、經貿委、統計等相關部門建立長期和良好的數據傳送機制，建立***同的業務數據平臺，做到方便快捷地從各方獲取有關納稅人生產經營、資金運轉及供銷狀況等信息數據，確保及時、完整、準確地取得納稅人的相關經濟指標數據。
三、拓寬分析思路，完善稅收分析方法。
開展稅收分析就是要通過宏觀看微觀、通過行業看企業、通過問題看管理、通過客觀看主觀，從而發現征管方面存在的問題。所以各級國稅機關要始終堅持眼睛向內，從征管上找原因，從主觀上找不足，拓寬稅收分析思路，完善稅收分析方法，實現稅收分析由稅收進度、增減情況等簡單對比分析，向宏觀稅負、增長彈性等反映征管質量情況分析的轉變，要結合稅源特點，運用圖表分析、對比分析、因素分析、數列分析，采用宏觀稅負、彈性系數、納稅能力評估等多種方法，由表及裏地進行綜合分析，盡量使分析結果科學合理，對經濟與稅收工作的重點、熱點、難點問題進行專題研究，註重稅收負擔、稅收彈性、稅源質量與稅收產出關系、各稅種收入與相關經濟指標的相關關系分析，不斷提高分析質量。具體工作中要做到“四個結合”：
第壹，宏觀分析與微觀分析的結合。要通過宏觀分析，清楚地了解本地區範圍內不同行業、不同稅種、不同類型企業的稅收負擔情況，從而找到稅收管理的薄弱環節，明確主攻方向。微觀分析要以縣局和基層分局為單位，對稅負明顯偏低的地方，有疑點的企業、存在問題多的行業進行深入分析，發現問題，找出原因，采取切實措施強化管理，堵塞漏洞。
第二，上級分析與下級分析的結合。各級國稅機關要根據各自的工作職責和範圍，有的放矢地做好稅收分析工作，省、市局要著重做好宏觀稅收分析，重點搞好有關分析資料的搜集、整理、發布，特別是有關分行業、分稅種、分類型宏觀稅負的分析和發布，指導基層並為縣（市、區）局稅負分析提供依據。縣局及基層國稅機關要著重做好微觀稅負分析，要立足實際，突出重點，利用重點稅源資料，將重點稅源企業的生產經營和稅收指標運用到具體稅收管理工作中，特別是要對照省、市局發布的分析資料，把分析工作延伸到具體企業，找出具體問題，查出具體原因，最終體現在以分析促管理、以管理促增收上。努力形成上下聯動的分析機制。