截至2017年3月，廈門大學有11個學科進入ESI全球前1%，擁有5個壹級學科國家重點學科、9個二級學科國家重點學科、17個壹級學科福建省特色重點學科、46個福建省壹級學科重點學科，9個國家基礎科學人才培養基地。擁有31個博士後流動站；31個博士學位授權壹級學科，5個博士學位授權二級學科；50個碩士學位授權壹級學科，5個碩士學位授權二級學科；9個交叉學科；24個專業學位學科授權（其中博士學位1個）[20] 。
學位授權點
壹級學科博士學位授權點（31個）
哲學、理論經濟學、應用經濟學、法學、政治學、教育學、中國語言文學、外國語言文學、新聞傳播學、考古學、中國史、世界史、數學、物理學、化學、海洋科學、生物學、生態學、統計學、機械工程、儀器科學與技術、材料科學與工程、電子科學與技術、信息與通信工程、計算機科學與技術、化學工程與技術、環境科學與工程、管理科學與工程、工商管理、公***管理、戲劇與影視學
專業博士學位點（1個）
教育博士
壹級學科碩士學位授權點（50個）
哲學、理論經濟學、應用經濟學、法學、政治學、社會學、教育學、中國語言文學、外國語言文學、新聞傳播學、考古學、中國史、世界史、數學、物理學、化學、海洋科學、生物學、生態學、統計學、力學、機械工程、光學工程、儀器科學與技術、材料科學與工程、電子科學與技術、信息與通信工程、建築學、土木工程、計算機科學與技術、化學工程與技術、航空宇航科學與技術、生物醫學工程、軟件工程、環境科學與工程、基礎醫學、臨床醫學、公***衛生與預防醫學、藥學、中醫學、管理科學與工程、工商管理、公***管理、戲劇與影視學、音樂與舞蹈學、美術學、藝術學理論、設計學
專業碩士學位點：金融碩士、應用統計碩士、稅務碩士、國際商務碩士、保險碩士、資產評估碩士、法律碩士、社會工作碩士、漢語國際教育碩士、翻譯碩士、新聞與傳播碩士、文物與博物館碩士、建築學碩士、工程碩士（機械工程、儀器儀表工程、材料工程、電子與通信工程、控制工程、計算機技術、軟件工程、建築與土木工程、化學工程、項目管理、物流工程、航空工程）、臨床醫學碩士、公***衛生碩士、工商管理碩士（工商管理碩士、高級管理人員工商管理碩士）、公***管理碩士、會計碩士、旅遊管理碩士、工程管理碩士、藝術碩士[21]
重點學科
世界壹流學科建設學科（4個）
化學、海洋科學、生物學、生態學、統計學[3]
壹級學科國家重點學科（5個）
理論經濟學（0201）、應用經濟學（0202）、化學（0703）、海洋科學（0707）、工商管理（1202）
二級學科國家重點學科（不含壹級學科覆蓋）（9個）
國際法學（030109）、高等教育學（040106）、專門史（060105）、基礎數學（070101）、凝聚態物理（070205）、動物學（071002）、水生生物學（071004）、細胞生物學（071009）、環境科學（083001）
福建省特色重點學科（17個）
理論經濟學、應用經濟學、法學、教育學、中國語言文學、中國史、物理學、生態學、統計學、儀器科學與技術、材料科學與工程、化學工程與技術、環境科學與工程、基礎醫學、管理科學與工程、工商管理、公***管理
福建省省級重點學科（46個）
哲學、理論經濟學、應用經濟學、法學、政治學、社會學、民族學、教育學、中國語言文學、外國語言文學、新聞傳播學、考古學、中國史、世界史、數學、物理學、化學、海洋科學、生物學、生態學、統計學、機械工程、儀器科學與技術、材料科學與工程、電子科學與技術、信息與通信工程、控制科學與工程、計算機科學與技術、建築學、土木工程、化學工程與技術、航空宇航科學與技術、環境科學與工程、生物醫學工程、軟件工程、基礎醫學、臨床醫學、公***衛生與預防醫學、藥學、管理科學與工程、工商管理、公***管理、音樂與舞蹈學、戲劇與影視學、美術學、設計學[19] [23]
博士後流動站（31個）
社會學、控制科學與工程、儀器科學與技術、管理科學與工程、數學、應用經濟學、工商管理、法學、中國語言文學、理論經濟學、哲學、環境科學與工程、物理學、教育學、考古學、中國史、海洋科學、生物學、新聞傳播學、材料科學與工程、公***管理、化學工程與技術、生態學、信息與通信工程[24]