1、初次使用新申報系統的納稅人，應先閱讀新系統操作說明及有關問答內容，充分了解和掌握新系統的申報操作步驟和要求。
2、應選擇正確的銀行帳號，確認稅款、所屬期及銀行賬號無誤、確認當前銀行存款足夠繳納申報的稅費，才進行提交申報。避免由於賬號錯誤或賬戶余額不足造成無法扣繳稅款的現象發生。
3、電子申報分為納稅申報和社保費申報。其中納稅申報細分為個人所得稅、印花稅、企業所得稅及其他地方稅費申報。
（1）納稅人進行地方稅費申報時，可根據申報者（企業）在申報該筆稅款時所處的“角色”來判別是“正常申報”或“代扣代繳”。如果是作為納稅人依據稅法履行納稅義務的，選擇“正常申報”；如果是作為扣繳義務人履行代扣、代收代繳稅款義務的，則選擇采用“代扣代繳”。
（2）企業所得稅申報分為季報、年報和月報。對於查賬征收的納稅人，日常選擇“季度申報”，按季申報企業所得稅。年度終了後，納稅人匯算調整進行年度申報，選擇“年度申報”申報年度企業所得稅。
對於采用核定（定率）征收的納稅人，包括采用核定帶征率征收及房地產開發企業所得稅采用預征率征收的納稅人，日常選擇“月份申報”，按月申報企業所得稅。
此外，有壹部分企業（如房地產企業）可能存在分別核算須同時進行“月份申報”和“季度申報”的情況，具體按實際情況而定。
4、申報填寫項目要完整真實。凡藍色標題的欄目都是必填項。納稅人在提交申報前應核對申報數據是否準確，特別 要核對“稅種稅目”、“應入庫稅（費）額”的數字是否準確無誤，“應入庫稅（費）額”即委托銀行扣繳稅款金額。
5、點擊“》”按鍵可幫助挑選相應的稅種稅目，納稅人不需特別記住稅種稅目代碼。
6、稅款所屬期的錄入，除了企業所得稅按季度錄入、年度企業所得稅申報按年度錄入外，其他都按“年-月-日”的格式輸入，例如“2005-01-01”。
7、稅率通常以小數格式錄入，例如0.05。目前僅企業所得稅季度和年度申報采用百分比格式（15％） ；印花稅核定比例采用百分比格式，例如100％。
8 、當申報稅種為“營業稅”或“文化事業建設費”時，需錄入營業額。如存在“可扣除營業額”的，也應填寫。
“可扣除營業額”是相對“營業額”而言，指根據稅收有關法規規定，在計征營業稅時允許扣除的部分。
對於娛樂業、餐飲業、住宿業、倉儲業、租賃業等部分行業，由於稅收法規沒有規定可扣除項目，因此，從事這些行業的納稅人在申報營業稅時應註意不能填寫“可扣除營業額”。
9、當申報稅種為營業稅或消費稅、增值稅的城建稅時，界面會提示“是否壹並申報附附加費”，納稅人可根據需要勾選申報。 應註意的是，如果附加稅費有減免或抵扣的，不適用勾選申報，應分別單獨申報。
10、被認定為采用個人明細申報方式的納稅人，除了由單位代扣代繳的偶然所得和其他所得和上市公司代扣代繳的股息紅利所得可采用匯總申報外，其余都應采用明細申報。
11、印花稅申報時，如采用核定征收的，應錄入計稅收入額和核定比例（百分比形式錄入，根據稅務機關核定的比例填寫，未核定的則按100％），系統會自動計算。
12、地方稅費代扣代繳、印花稅代扣代繳申報，應填寫“被扣繳人名稱代碼”，“被扣繳人名稱”的填寫要完整準確。
13、企業所得稅年度申報表主表以外的9張附表仍應通過“表報報送”填寫上報。附表的數字和年度申報表主表 上對應的數字應壹致。
14、進行社保費申報時無需錄入申報數據，只需核對確認系統列出的社保費數據無誤後， 在方框內勾選要申報的數據，提交申報即可。
15、完成申報後，應充分利用申報數據查詢功能。
申報成功後在申報首頁選擇“查詢申報數據”，及時查詢核對是否存在錯誤申報或重復申報現象。若發現申報錯誤或重復申報的，可選擇“刪除申報數據”，及時刪除錯誤數據。
需註意的是，個人所得稅申報後，在“個人明細申報情況查詢”裏可查詢到每個人的申申報情況，即表示申報已成功。由於匯總處理需要壹定的時間，因此“申報數據查詢和刪除”那裏相對需等待壹段時間（通常幾分鐘至幾小時不等，取決於數據的處理量大小，申報高峰期可能需要1－2小時），數據匯總後，相應的個稅申報回執也才會發送到納稅人郵箱中。因此，請納稅人務須耐心等候，避免多次重復提交申報。
社保費申報後如果發現申報錯誤需重新申報的，必須及時和稅務管理人員聯系，由其撤銷原來已申報記錄後方可重新申報 。
另外，如果該稅款已入庫，納稅人需辦理相關抵退稅手續，因此進行申報時務必認真、準確，避免操作失誤。
16、申報完成後應關註留意已申報稅款的入庫情況，多利用“綜合查詢-稅款入庫情況查詢”功能，及時發現並處理稅款扣繳未成功問題。
檢驗申報操作完成情況及稅款入庫情況
1、當系統提示“您已申報完成”，表示當前這項申報操作已完成。
2、納稅人的稅務專用電子郵箱會收到相應的電子回執。電子回執內容包括納稅人申報的稅種、稅目、稅額等具體數據及數字簽名。
3、納稅人收到銀行的“繳稅回單”，表明該稅款已扣繳成功。如果因帳戶問題導致扣繳稅款不成功的，地稅部門將通過電話語音、手機短信、電子郵件等方式通知納稅人。
4、納稅人在該稅種申報首頁點擊“網上納稅申報數據查詢”，可對申報情況及申報數據的處理狀態進行查詢（建議多多利用此項查詢功能，避免漏申報或重復申報現象）。
需要註意的是，從哪個頁面進入申報的，應當在那個頁面進行查詢。例如個人所得稅申報後，應在個人所得稅申報首頁點擊“網上納稅申報數據查詢”進行查詢。避免出現“申報個人所得稅卻跑到‘地方稅費申報’頁面去查詢申報結果”的錯誤操作行為發生。
5、納稅人在“電子申報菜單項下”點擊“稅款申報入庫情況”，可查詢申報數據的入庫情況。