商業報價扣除商業折扣後的實際成交價格為應收賬款的入賬價值，商業折扣對會計核算沒有影響。中華人民共和國國家稅務總局國稅發[1993]第154號規定:“納稅人折價銷售貨物。在同壹張發票上分別註明銷售額和折扣額的，可以對折扣後的銷售額征收增值稅；折扣金額單獨開票的，無論財務如何處理，折扣金額均不得從銷售金額中扣除。”因此，在稅務實務中，要特別註意“同壹張發票上必須分別註明銷售額和折扣額”這壹點。之所以需要在同壹張發票上註明銷售額和折扣額，是為了保證增值稅計稅和扣稅的壹致性。如果銷售金額允許開具銷售發票，折扣金額允許開具紅字退款發票，可能會造成賣方扣除折扣金額後按銷售金額計算銷項稅額，而買方扣除銷售金額卻不扣除折扣金額的問題。這種造成增值稅計算和征收混亂的做法是稅法所不允許的。
此外，商業折扣只限於商品價格上的折扣。賣方以生產、委托加工或者購買的貨物作為實物折價的，不能從貨物銷售額中扣除實物金額，應當按照《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》第四條“無償贈與他人”的規定計算繳納增值稅。商業折扣是指企業為了促進商品的銷售，在商品的標示價格上給予的價格扣除，因此不影響銷售商品收入的計量。稅法對商業折扣的定義與會計準則是壹致的。根據《中華人民共和國所得稅法實施條例及其適用指南》的解釋，銷售貨物涉及商業折扣的，應當按照商業折扣後的金額確定銷售收入金額。可見，商業折扣的稅務處理與會計處理是壹樣的。