1.對於分支機構和其他分支機構，只要符合獨立核算的條件，就應該單獨申報繳納企業所得稅，適用經營地的企業所得稅稅率。
2.分公司和總機構在計稅時，應當適用其經營所在地的適用稅率。
3.分公司作為獨立納稅人，其經營期間的年度虧損在確定總公司年度應納稅所得額時不能扣除，其註銷前形成的累計經營虧損在總公司賬簿中反映為其他應收款或無法收回的應收賬款。
4.總機構和分支機構不在同壹征收地區的商業企業，無論何時開始營業，均應按照屬地原則納稅。根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》第四條的規定，跨征收區調撥貨物應視為“視同銷售”。同壹征收地區的總機構和分支機構可以集體納稅，也可以單獨納稅。
總公司公司獨立核算和非獨立核算有什麽區別？
在實際操作中，我們設立分公司後，首先需要考慮的問題是分公司選擇獨立核算還是非獨立核算。很多人認為非獨立核算的分公司不需要設置賬戶。這種理解其實是錯誤的。實際上，分支機構采用獨立核算或非獨立核算只是壹種稅收規定。我們在進行分公司稅務登記時，需要上報會計核算方法。註冊時，除了壹般資料外，總公司壹般還需要出具非獨立核算的證明。
另壹方面，在會計上，無論分公司是否獨立，都要求單獨建賬。不同的是，非獨立分行的所有賬目都需要匯總到總行進行核算。
1，獨立核算
獨立核算是指對單位的經營過程和結果進行全面系統的核算。
壹般情況下有在當地繳納流轉稅的義務，需要註冊為獨立核算的分支機構。
簡單來說，凡是在當地從事經營活動的，都需要註冊為獨立核算的分支機構。
2.從屬會計
非獨立核算，又稱報賬制，沒有資金，其財產物資由上級單位調撥，沒有獨立的銀行賬戶。其收入全部存入上級單位賬戶，所有支出也由上級單位審核支付。
分支機構不在當地從事經營活動，只負責聯絡、售後服務等業務，不涉及在當地繳納流轉稅的，可以註冊為非獨立核算性質。
判斷獨立核算與非獨立核算的關鍵在於分公司是否從事經營活動(銷售貨物或提供應稅勞務)，是否在當地繳納增值稅。