(壹)窗口申報方式:由納稅人直接到主管的區地方稅務局(稅務所)辦稅服務廳辦理，也可以委托有稅務代理資質的中介機構或者他人代為辦理，或者由扣繳義務人代為報送納稅人填寫簽名的《納稅申報表》。
(二)互聯網申報方式：由納稅人通過深圳地稅網站進入“電子稅務局(自然人用戶)”頁面，註冊登錄後選擇“辦稅服務”進行申報，該系統還同時提供申報納稅信息實時查詢和完稅證明在線打印等功能。
1.在電子稅務局中，通過“代扣代繳個人所得稅”—“個稅明細信息上傳下載”—“個稅明細下載”，下載初始化文件並導入個稅客戶端。
2.在個稅客戶端進行深圳個稅申報並生成申報文件。
3.可以通過“代扣代繳個人所得稅”—“個稅明細信息上傳下載”—“個稅明細上傳”，上傳申報文件，進行申報。
4.申報成功後，在“個稅明細下載”中下載反饋文件並導入個稅客戶端以完成申報業務
(三)郵寄申報方式：由納稅人采取掛號信函形式辦理。將填寫好的《納稅申報表》寄給主管的區地方稅務局，信封正面左下方註明“個人所得稅自行納稅申報”字樣。稅務機關以郵政部門掛號信函收據作為申報憑據，以寄出的郵戳日期為實際申報日期。 對於申報“應補稅額”或“應退稅額”大於零的納稅人，需在申報期內清繳稅款或申辦退稅。自然人電子稅務局可直接網上繳納稅款，其他申報方式涉及清繳稅款或申辦退稅的，須持本人身份證照到主管區地方稅務局(稅務所)辦理。
法律依據：
《個人所得稅扣繳申報管理辦法》
第三條 扣繳義務人每月或者每次預扣、代扣的稅款，應當在次月十五日內繳入國庫，並向稅務機關報送《個人所得稅扣繳申報表》。
第五條 扣繳義務人首次向納稅人支付所得時，應當按照納稅人提供的納稅人識別號等基礎信息，填寫《個人所得稅基礎信息表（A表）》，並於次月扣繳申報時向稅務機關報送。
扣繳義務人對納稅人向其報告的相關基礎信息變化情況，應當於次月扣繳申報時向稅務機關報送。