辦公室
綜合材料編寫，信息宣傳，公文處理，文件收發，檔案管理受理群眾來信來訪等
人事監察科
人事管理、教育、培訓、紀檢、監察、黨、團、工青婦
計財科
稅收計劃、會計、統計和稅收票證核算管理、代征代扣手續費的審核
征管科
稅收政策的貫徹執行
發票科
地方稅務局發票的驗、供、銷工作，受理申請自印發票、發票領購資格的審核，辦理變更、註銷、停業的發票清理工作
綜合服務科
稅務登記咨詢、發表、收取工本費，稅務登記違章處罰，車輛登記，稅務登記業務受理，稅銀協議辦理，個體戶綜合業務受理，退稅、註銷、備案、審批業務受理，納稅服務證明業務受理，售付匯證明業務受理，外經證業務受理，房地產三級市場涉稅事項業務受理，個人所得稅自行申報業務受理，互聯網報稅開戶、認證業務受理
信息管理科
電腦管理和數據維護、電子報稅推廣
征收科
貨物運輸發票管理，換開稅票業務受理，納稅申報受理、代開發票業務受理
行政科
行政後勤管理
管理壹科
金融業、總部企業（除按行業性質應由管理二科或管理三科管轄的總部企業外）以及外國企業代表處的稅收管理及對控管納稅戶註銷事項的辦理。（金融業包括銀行業、證券業、保險業和從事其他金融活動等企業）
管理二科
房地產業和建築安裝業的稅收管理及對控管納稅戶註銷事項的辦理。
管理三科
交通運輸、行政事業單位、社會團體、民辦非企業、“三師”事務所和合夥企業的稅收管理及對控管納稅戶註銷事項的辦理工作。
管理五科
東起皇崗路，西至新洲路，南起深南大道，北至北環大道
管理六科
東起皇崗路，西至新洲路，北至深南大道，南至濱河大道
管理八科
東起新洲路，西至香梅路，北起北環大道，南至深南大道
管理九科
東起香梅路，西至僑城東路，北起北環大道，南至深南大道
管理十科
東起新洲路，西至僑城東路，北起深南大道，南至濱海大道
管理十壹科
東起皇崗路，西至濱河大道與廣深高速交叉處，北起濱河大道，南至福強路、福榮路
管理十二科
梅林片區
管理十四科
1、委托代征稅收管理，包括三級市場、私房出租、私房裝修、專業市場、車船稅、借款合同印花稅、沙角B電廠。
2、個體工商戶、個人獨資企業。
管理四科、管理十三科
1、 審批核準備案類事項。（根據《深圳市地方稅務局稅務征管業務規程》（2009年版）以及其後頒布的相關文件確定）。
2、 退稅
3、 非居民境內收入納稅義務審核
4、無違規證明。
管理七科
以已開發的評估系統為依托，根據納稅評估辦法開展納稅評估工作