1.應納稅額=應納稅所得額x稅率-速算扣除。但超過個人所得稅起征點的員工，公司有義務繳納和代扣代繳個人所得稅。公司在支付員工工資時，需要代扣員工個人所得稅，然後向公司所在地稅務機關繳納代扣的個人所得稅。公司代扣代繳後，員工不需要再就這筆工資單獨繳稅。
2.深圳工資扣稅規定:深圳工資扣稅(個稅)起征點是5000元，適用於深圳工資、薪金所得適用的收入。應納個人所得稅稅額=應納稅所得額×適用稅率-速算扣除數;應納稅所得額=扣除三險壹金後月收入-扣除標準。
3.深圳工資扣稅計算:深圳工資個稅的計算公式為:應納稅額=(深圳工資薪金所得-“五險壹金”-扣除數)×適用稅率-速算扣除數;個稅起征點是5000，使用超額累進稅率的計算方法如下：繳稅=全月應納稅所得額*稅率-速算扣除數;實發深圳工資=應發深圳工資-四金-繳稅。
法律依據:
《個人所得稅法》
第二條
下列各項個人所得，應當繳納個人所得稅：
(壹)工資、薪金所得;
(二)勞務報酬所得;
(三)稿酬所得;
(四)特許權使用費所得;
(五)經營所得;
(六)利息、股息、紅利所得;
(七)財產租賃所得;
(八)財產轉讓所得;
(九)偶然所得。
《中華人民***和國稅收征收管理法》
第壹條
為了加強稅收征收管理，規範稅收征收和繳納行為，保障國家稅收收入，保護納稅人的合法權益，促進經濟和社會發展，制定本法。
第二條
凡依法由稅務機關征收的各種稅收的征收管理，均適用本法。
第三條
稅收的開征、停征以及減稅、免稅、退稅、補稅，依照法律的規定執行;法律授權國務院規定的，依照國務院制定的行政法規的規定執行。
任何機關、單位和個人不得違反法律、行政法規的規定，擅自作出稅收開征、停征以及減稅、免稅、退稅、補稅和其他同稅收法律、行政法規相抵觸的決定。