深圳市審計局政府投資審計專業局(以下簡稱政府投資審計專業局)是負責政府投資審計的行政機構，副局級建制，由市審計局管理。政府投資審計專業局負責對政府投資項目的預算執行和決算以及與本級政府投資項目直接相關的建設、勘察、設計、施工、監理、采購、供應等單位的財務收支進行審計監督；審查和監督政府投資項目的預算、工程結算和決算，審計和監督政府投資項目招投標和國有資產轉讓；組織與政府投資項目、招標和委托審計項目管理有關的專項審計或審計調查，承擔市政府投資項目審計監督領導小組交辦的專項審計事項和其他任務。
領導及分工:何瑞軍局長主持投資局全面工作；羅振雄副主任分管辦公室和總檢查室；副主任馬元勛主管審計壹和審計二；副主任張凱負責審計三處和跟蹤組；總審計師陳力主管四個審計局和大運集團。
政府投資審計專業局內設6個辦公室(均為副處級):辦公室、總審計局、審計壹處、審計二處、審計三處、審計四處；還有兩個審計工作組(臨時機構):大運會項目審計工作組(簡稱大運組)和軌道交通項目審計工作組(簡稱軌交組)。
深圳市審計局經濟責任審計專業
深圳市審計局經濟責任審計局(副局級建制，簡稱經濟責任審計局)由市審計局管理。經濟責任審計局負責組織、協調、指導和檢查全市經濟責任審計工作；具體實施市直屬黨政機關、事業單位、群眾團體的領導幹部，區縣黨政領導幹部和設在區縣的市垂直管理部門和單位的領導幹部，市屬國有企業法定代表人和市政府投資項目的責任審計工作。
領導及分工:經濟責任審計局局長沈安立負責全面工作。
經濟責任審計局下設三個部門(均為副處級):審計長室、第壹審計室、第二審計室。其後勤等相關工作由市審計局管理。