主要核查:納稅評估結論是否正常；面試和實地考察結果是否正常；企業申報納稅是否正常；企業能否準確計算進項稅額和銷項稅額，正確取得和開具專用發票等合法的進項稅額抵扣憑證。
根據審核和實地考察情況，確定審批意見，向納稅人返還《增值稅壹般納稅人申請確認表》，並將相關資料歸檔。
納稅人在輔導期內取得的增值稅專用發票(以下簡稱專用發票)抵扣聯、海關進口增值稅專用繳款書和運輸費用結算憑證，應當經過交叉稽核驗證後，方可抵扣進項稅額，主管稅務機關對輔導期內納稅人實行限量發售專用發票。
實行納稅輔導期管理的小商業批發企業，最高開票限額不超過10萬元；其他壹般納稅人專用發票的最高開票限額應根據企業實際經營情況重新核定。
輔導期間，對納稅人專用發票的購領實行限時控制，主管稅務機關可根據納稅人經營情況核定每次專用發票的供應數量，但每次發售專用發票數量不得超過25張。
納稅人在輔導期內購買的專用發票未用完再次購買的，主管稅務機關出售的專用發票份數不得超過每次購買的專用發票核定份數與未使用的專用發票份數之差。
新認定為壹般納稅人的小商業批發企業實行3個月的納稅輔導期管理；其他壹般納稅人實施納稅輔導期管理的期限為6個月。