基本步驟如下，首先，輔助賬要從會計賬本中取數，而且最好是同步，就是會計做壹筆研發支出的分錄，輔助賬就跟著記壹筆。其次，輔助賬不是照抄會計賬本，而是按照稅法口徑去分析填寫。
填表順序如下，順序壹：正著填，先填研發支出輔助明細賬，再填研發支出輔助賬匯總表，最後填加計扣除歸集表。這樣填的前提條件是：研發支出輔助賬日清月結、步步跟隨會計賬本。順序二：倒著填，先填加計扣除歸集表，再填輔助賬匯總表，最後填輔助賬明細表。這樣填的條件是：企業平時沒填過輔助賬，要申報備案了，臨時抱佛腳，先把表“比劃”出來再說。筆者敢賭壹塊錢，好多企業都是這麽搞的。需要說明的是，輔助賬明細表不用備案的，企業留存備查。
填表規則如下，規則壹：輔助賬明細表的數據，最終要匯總在輔助賬匯總表中，輔助賬匯總表數據，要匯總在加計扣除歸集表中。規則二：壹個研發項目，填壹張輔助賬明細表。規則三：壹個研發項目，可能處於研究階段，也可能處於開發階段，還可能處於完成階段。所以，費用化的要填壹張表，資本化的要填壹張表。費用化那張表和資本化那張表，長得都是壹模壹樣的，但不同的是，費用化那張表，期初余額和期末余額、以及表中的余額，都填零，而資本化那張表，期初余額、期末余額以及表中的余額，不但有數，還要標明借貸方向。規則四：壹個研發項目，可能有不同表現形式，比如自主研發、委托研發，壹個形式要填壹張表。規則五：眾多研發項目，企業要加計扣除的研發項目，要填明細表，且所填數據過入輔助賬匯總表，企業不準備加計扣除的研發項目，也應該填明細表，但不必過入輔助賬匯總表，留存備查，以核對加計扣除數據的準確性。當然，您若嫌麻煩，根本不填，估計也沒人管妳。規則六：不管有多少個研發項目，不管填多少個輔助賬明細表，都要匯總到壹個輔助賬匯總表中，再過入到壹張加計扣除歸集表中。換言之，壹個企業，只報壹張輔助賬匯總表和壹張加計扣除歸集表。