石門為浙北古鎮，春秋時吳越相爭，“置石門為吳越限”（清光緒《石門縣誌》卷壹），故名石門。唐設石門驛。南宋時於石門驛中設行幄，為皇帝往來之行宮。又設酒務、稅務。元置巡檢司，明設課稅局，成為運河上軍事要地和交通重鎮。
明宣德五年（1430）桐鄉建縣後，鎮以寺弄為界，東稱石灣，屬桐鄉縣，西稱石門，隸崇德縣。
清康熙時(1662～1722)，改崇德縣為石門縣，石門鎮改稱玉溪鎮。
民國3年(1914)，石門縣復稱崇德縣，玉溪鎮復名石門鎮。民國時期，石灣、石門仍分隸桐鄉、崇德兩縣 1950年5月，石門、石灣合為壹鎮，稱石門鎮，屬崇德縣。
1958年10月，隸於石門公社。
1959年6月，又為桐鄉縣直屬鎮（桐鄉、崇德兩縣於1958年11月合並）。
1987年2月，並石門鄉入石門鎮，實行鎮管村體制。
1998年10月，撤銷安興鄉建制，並入石門鎮。
石門有壹個古村叫桂花村，傳說這裏曾停靠過乾隆的龍船。當年乾隆下江南時，恰值中秋，正是桂花吐艷之際，龍船壹過石門灣，壹股幽香撲面而來，船越往南開，香味越濃，乾隆急命停船靠岸循香而來，在桂花樹下大飲桂花酒，久久不肯回去，後命人在石門建立營盤，每次南巡必到桂花村壹遊。
經濟
石門鎮以市場為導向，以“壹優、二高”農業為目標，以效益農業為核心，積極推廣“名、特、優”農產品，壹批新興的種、養業得到較快發展，逐步形成了陸家莊村的養豬，天星村的桂花，石門、民聯村的葡萄，民聯村的樹苗，余墩村的“五秧”，四星片的菊花等壹批高產、優質、高效農產品基地，“壹村壹品”，成為石門鎮農業的顯著特色。農業龍頭企業應運而生，桐鄉新星杭白菊制品有限公司被市人民政府命名為市級農業龍頭企業，成為目前國內最大杭白菊加工出口企業。迄今，全鎮已建立糧食、蠶桑、杭白菊、湖羊、葡萄、生豬、樹苗、蔬菜、桂花、獼猴桃、水產等11個農產品基地。
石門鎮是桐鄉市西北部的中心城鎮、農副產品的集散中心，輻射面涉及毗鄰的各個鄉鎮及湖州郊區等地，集市貿易十分活躍，先後辟有湖羊、木材、小商品、蔬菜副食品等專業市場。城鎮建設以運河航運改造工程為契機，進入加快建設與發展階段。石門大橋、新南高橋、新東高橋相繼建成，壹個以中心路為軸心，以中興路南段綜合區，中興路中段商貿旅遊區、中興路北段經濟區開發建設為重點的城建格局已全面展開。壹軸（中興路為主軸）二區（運河南北兩岸兩個居住小區）三片（城鎮東北、東南、西部三大工業倉儲集中區）的城鎮總體布局初步形成。
石門鎮年產杭白菊700余噸。建國前，石門鎮杭白菊已直銷粵、港、澳及東南亞。現在，逐漸註重對杭白菊的深加工，新星杭白菊制品有限公司和石門食品飲料廠，年加工2500多噸杭白菊，進壹步提高了出口市場的占有率。
有企業993家。其中規模以上企業108家，比上年增加15家，產值33.1億元,比上年增長22.48%；規模以上企業產值占全鎮總產值51%，有億元企業7家，比上年增加3家。新增省級以上高新技術企業2家(桐鄉市磊石微粉有限公司、桐鄉市易鋒機械廠)，2008年，實現工業總產值65.17億元，比上年增長22.46%，完成工業增加值7.53億元，增長39.93%；實現工業利潤3.18億元，增長46.59%；外貿出口交貨值3.57億元，增長4.79%；技改投入4.06億元，增長40.5%；七項效益指標綜合得分128.06分，比上年提高12.12分,創歷史新高。
企業創牌工作突出，有國家級著名商標1件(桐鄉市聖丹麗鞋業有限公司)、省級著名商標2件(嘉興芭妮鞋業有限公司、桐鄉市新和保健品有限公司)、嘉興市著名商標9件(桐鄉市百喜福鞋業有限公司的“百喜福”、桐鄉市星輝絹紡有限公司的“星輝”、桐鄉市申宏照明有限公司的“安興”等)、桐鄉市著名商標15件(桐鄉市豐溢食品有限公司的“強哥”等)加快生態休閑遊開發建設，推進餐飲和商貿業的發展。加大對桂花村整治力度，全年接待遊客超過3萬人次。引進市外內資916萬元，服務業總投資1.27億元，實現增加值3.76億元。有個體經營戶3802戶，比上年增加78戶。全鎮建成“連鎖超市”1家，“萬村放心店”19家，覆蓋面100%。啟動休閑觀光農業產業帶建設，建成杭白菊菊種園生產基地、杭白菊博物館。浙江傲鷹金屬材料有限公司的倉儲物流項目正式開工。