（壹）稅收征管模式中存在的主要問題
壹是納稅申報流於形式。建立納稅人納稅申報制度是新的征管運行機制最重要的基礎，但由於納稅人自覺依法納稅的觀念欠缺，以及業務技能方面的差異，導致偷稅、漏稅行為較為普遍，加之沒有嚴格的稅務登記制度和稅源監控辦法，使納稅申報流於形式；對個體工商戶基本是以交代報。
二是為納稅人服務不到位。為納稅人提供優質服務，是稅務機關應盡的義務，但目前仍有壹些服務不到位的問題。例如：對納稅人方面出現的問題不能客觀地分析原因，區別對待，而是“罰”字當頭。稅務機關應改進服務工作，提高服務水平。
三是對計算機的期望過高。利用計算機進行稅收征管是實現現代化征管的標誌，也是提高管理效應的必然途徑。但是，目前計算機在征管方面的應用仍存在壹定問題：（1）軟件開發和計算機網絡化方面還比較落後；（2）稅收管理員的素質還有待提高。
四是稅務稽查難以適應征管要求。（1）稅務稽查力度還有待提高，稽查體系還有待完善；（2）稽查人員的素質和業務水平較差，稽查工作質量低下。稅務稽查多數是與納稅人商量定案。
五是外部環境不完善。目前，我國實行新模式的外部環境不夠完善，從法律環境看，稅收司法體系不健全，影響稅收司法的嚴肅性、準確性；從經濟環境看，各地區經濟發展不均衡，未能實現法制經濟；從信息環境看，有關納稅人的經濟信息不能在相關行業內***享，給納稅人規避稅收法律提供了機會。
(二)征管考核指標存在的問題。
壹是現行征管考核指標是建立在納稅人辦理登記、申報的基礎上，是對稅務部門已經征收、入庫稅款等情況的考核，而對於納稅人申報情況是否真實、準確、完整，即稅源的真實情況則無從考核。
二是現行征管考核指標也不能全面反映征管中存在問題。例如零申報問題，就不影響考核結果。有的征管信息錄入不完整或不錄入，也不影響考核結果；反之，信息錄入越完整，出現差錯的幾率越高，缺乏統壹的口徑。
三是征管考核指標的增長與征管水平的實際提高不對等。從稅收收入增長來看，近幾年均是大幅度上升，而考核指標中的稅務登記率、申報率、入庫率等指標增長非常緩慢。說明征管考核指標已無法與征管的實際水平相適應。
四是對稅收管理員、辦稅服務員考核難度大。采用普查方法必然耗費大量人力和財力，得不償失，采用抽查方法必然導致結果有失真實，效果不佳，因此在征管信息尚未完全電子化的情況下，再加上管理分局與服務大廳崗位職責不同，考核指標不可比且有些指標不可量化，造成對稅收管理員、辦稅服務員考核難度大，經常扯皮。
五是使用稅控收款機用戶監管難。由於稅務機關不得收取發票保證金，很容易造成稅款流失。
六是部門間協作不力，信息難以***享。與國稅、工商等部門銜接不夠，配合不力。比如，工商登記與稅務登記相互銜接工作，雖然征管法有明確規定工商部門應定期通報給稅務部門，但未規定不通報的法律責任。
七是幹部素質有待進壹步提高。計算機應用水平不高，只限於操作，阻礙了稅收管理信息化的步伐。影響了數據的分析利用和工作效率。