1、消費者向當地稅務機關舉報；
2、被稽查納稅人上下遊的企業連帶查出問題；
3、系統比對，例如通過涉稅指標分析等方法比對。企業存在異常指標值會被列入風險企業名單，長期零申報或企業所得稅長期報虧損的企業是稅務局重點檢查對象。
稅務稽查指的是由稅務稽查部門依法組織實施的對納稅人、扣繳義務人履行納稅義務、扣繳義務的情況進行全面地、綜合檢查的行為。稅務稽查主要對象是對涉及偷、逃、抗、騙稅的大案要案進行檢查。
《中華人民***和國個人所得稅法》 第六條 應納稅所得額的計算：
（壹）居民個人的綜合所得，以每壹納稅年度的收入額減除費用六萬元以及專項扣除、專項附加扣除和依法確定的其他扣除後的余額，為應納稅所得額。
（二）非居民個人的工資、薪金所得，以每月收入額減除費用五千元後的余額為應納稅所得額；勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得，以每次收入額為應納稅所得額。
（三）經營所得，以每壹納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失後的余額，為應納稅所得額。
（四）財產租賃所得，每次收入不超過四千元的，減除費用八百元；四千元以上的，減除百分之二十的費用，其余額為應納稅所得額。
（五）財產轉讓所得，以轉讓財產的收入額減除財產原值和合理費用後的余額，為應納稅所得額。
（六）利息、股息、紅利所得和偶然所得，以每次收入額為應納稅所得額。
勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得以收入減除百分之二十的費用後的余額為收入額。稿酬所得的收入額減按百分之七十計算。
個人將其所得對教育、扶貧、濟困等公益慈善事業進行捐贈，捐贈額未超過納稅人申報的應納稅所得額百分之三十的部分，可以從其應納稅所得額中扣除；國務院規定對公益慈善事業捐贈實行全額稅前扣除的，從其規定。
本條第壹款第壹項規定的專項扣除，包括居民個人按照國家規定的範圍和標準繳納的基本養老保險、基本醫療保險、失業保險等社會保險費和住房公積金等；專項附加扣除，包括子女教育、繼續教育、大病醫療、住房貸款利息或者住房租金、贍養老人等支出，具體範圍、標準和實施步驟由國務院確定，並報全國人民代表大會常務委員會備案。