壹、稅務稽查流程的流程壹：選案環節
由稅務稽查局選案科篩選要進行稅務稽查的對象，選擇方式包括人工選案、計算機選案、舉報、其他等等。選擇完畢後，經稽查局局長批準，再將擬計劃稅務稽查的企業名單送至檢查科進行檢查。
稅務稽查局應當統籌安排檢查工作，嚴格控制對納稅人、扣繳義務人的檢查次數，不能對企業進行太多太頻繁的次數檢查。
二、稅務稽查流程的流程二：檢查環節
檢查科再根據選案科的企業名單，組織稽查人員實施稅務稽查，通過采取必要的稽查方法和手段，收集案件的證人證言、書面證據，整理制作了《稅務稽查報告》後，將案件移送至稅務稽查局審理科。
檢查前，稅務稽查應當告知企業檢查時間、需要準備的資料等，檢查應當由兩名以上具有執法資格的檢查人員***同實施，並向被查對象出示稅務檢查證件、出示或者送達稅務檢查通知書。
采取調取賬簿資料、實地檢查、詢問、查詢存款賬戶、異地協查等方式，對企業的財務資料進行稅務稽查，尋找企業少交稅款、晚交稅款的線索，但對於多繳稅款不屬於其稅務檢查的範圍。
檢查科調取賬簿、記賬憑證、報表和其他有關資料時，應當向企業出具調取賬簿資料通知書，並填寫調取賬簿資料清單交其核對後簽章確認。
三、稅務稽查流程的流程三：審理環節
稅務稽查檢查結束後，審理科對案件進行審理，對於檢查人員的初步意見作出最終決定，形成結論性文書。對於涉案金額較大的，則應當提請稅務局重大稅務案件審理委員會進行審理。
檢查結論性文書：
1、對於有稅收違法行為，應當作出稅務處理決定的，制作稅務處理決定書;
2、有稅收違法行為，應當作出稅務行政處罰決定的，制作稅務行政處罰決定書;
3、稅收違法行為輕微，依法可以不予稅務行政處罰的，制作不予稅務行政處罰決定書;
4、沒有稅收違法行為的，制作稅務稽查結論。
案件審理主要關註的內容包括：稅收違法事實是否清楚，證據是否充分，數據是否準確，資料是否齊全;適用法律法規是否適當，定性是否正確;案件審理過程是否符合法定程序，否存在超越或者濫用職權;稅務處理、處罰建議是否適當。
審理中對於存在不合規行為的檢查資料，應當要求檢查科進行補正或者補充調查。
擬對企業或者當事人作出稅務行政處罰的，應當向其送達稅務行政處罰事項告知書，告知其依法享有陳述、申辯及要求聽證的權利。
被查對象或者其他涉稅當事人可以書面或者口頭提出陳述、申辯意見。對當事人口頭提出陳述、申辯意見，應當制作陳述申辯筆錄，如實記錄，由陳述人、申辯人簽章。
四、稅務稽查流程的流程四：執行環節
稅收執行部門根據稅務處理決定書送達至當事人，要求當事人進行補繳稅款，待執行完畢稅款入庫後形成執行報告，並將繳款憑證復印件等資料交給案卷管理科室，進行入庫保管。
對於納稅人未按期繳納稅款的，經縣以上稅務局局長批準，應當依法簽字執行或者依法申請人民法院強制執行。當事人確有經濟困難，可以延期或者分期繳納罰款。
法律依據
《中華人民***和國稅收征收管理法》
第四條 法律、行政法規規定負有納稅義務的單位和個人為納稅人。
法律、行政法規規定負有代扣代繳、代收代繳稅款義務的單位和個人為扣繳義務人。
納稅人、扣繳義務人必須依照法律、行政法規的規定繳納稅款、代扣代繳、代收代繳稅款。