稅務機關進行稅務檢查，壹般采用以下三種方法：
稅務查賬
稅務查賬是對納稅人的會計憑證、賬簿、會計報表以及銀行存款賬戶等核算資料所反映的納稅情況所進行的檢查。這是稅務檢查中最常用的方法。
實地調查
實地調查是對納稅人賬外情況進行的現場調查。
稅務稽查
稅務稽查是對納稅人的應稅貨物進行的檢查。
稅務機關對從事生產、經營的納稅人以前納稅期的納稅情況依法進行稅務檢查時，發現納稅人有逃避納稅義務行為，並明顯的轉移，隱匿其納稅的商品、貨物以及其他財產或者應納稅的收入跡象的，可以按照《稅收征管法》規定的批準權限采取稅收保全措施或者強制執行措施。此項規定是2001年《稅收征管法》修訂新增內容。賦予稅務機關在稅務檢查中依法采取稅收保全措施或強制執行措施的權力，有利於加強稅收征管，提高稅務檢查的效力。
稅務機關依法進行上述稅務檢查時，納稅人、扣繳義務人必須接受檢查，如實反映情況，提供有關資料，不得拒絕、隱瞞；稅務機關有權向有關單位和個人調查納稅人、扣繳義務人和其他當事人與納稅或者代扣代繳、代收代繳稅款有關情況，有關部門和個人有義務向稅務機關如實提供有關材料及證明材料。稅務機關調查稅務違法案件時，對與案件有關的情況和資料，可以進行記錄、錄音、錄像、照相和復制。但是，稅務人員在進行稅務檢查時，必須出示稅務檢查證，並有責任為被檢查人保守秘密；未出示稅務檢查證和稅務檢查通知書的，納稅人、扣繳義務人及其他當事人有權拒絕檢查.