1、機構屬性不同，國家稅務總局，為中華人民***和國國務院主管稅收工作的直屬機構，正部級；稽查局是國家稅務總局主管稅務稽查工作的職能部門；
2、主要職責不同，國家稅務總局具體承擔所轄區域內各項稅收、非稅收入征管等職責。稽查局起草稅務稽查法律法規草案、部門規章及規範性文件；辦理重大稅收案件的立案和調查的有關事項並提出處理意見；指導、協調稅務系統的稽查工作；
3、機關隸屬不同，國家稅務總局隸屬於中華人民***和國國務院。稽查局是國家稅務總局的職能部門。
稽查局和稅務局是屬於從屬的關系。稽查局和稅務局的區別在於職責不同、機構屬性不同、機關隸屬不同、內設機構不同。主要職責不同：稽查局主要負責起草稅務稽查法律法規草案、部門規章及規範性文件；辦理重大稅收案件的立案和調查的有關事項並提出處理意見；指導、協調稅務系統的稽查工作，稅務局具體承擔所轄區域內各項稅收、非稅收入征管等職責。
機構屬性不同：稽查局是國家稅務總局主管稅務稽查工作的職能部門，稅務局是屬於正部級的國務院直屬機構。
法律依據
《中華人民***和國個人所得稅法》
第八條有下列情形之壹的，稅務機關有權按照合理方法進行納稅調整：
（壹）個人與其關聯方之間的業務往來不符合獨立交易原則而減少本人或者其關聯方應納稅額，且無正當理由；
（二）居民個人控制的，或者居民個人和居民企業***同控制的設立在實際稅負明顯偏低的國家（地區）的企業，無合理經營需要，對應當歸屬於居民個人的利潤不作分配或者減少分配；
（三）個人實施其他不具有合理商業目的的安排而獲取不當稅收利益。
稅務機關依照前款規定作出納稅調整，需要補征稅款的，應當補征稅款，並依法加收利息。
第十二條納稅人取得經營所得，按年計算個人所得稅，由納稅人在月度或者季度終了後十五日內向稅務機關報送納稅申報表，並預繳稅款；在取得所得的次年三月三十壹日前辦理匯算清繳。
納稅人取得利息、股息、紅利所得，財產租賃所得，財產轉讓所得和偶然所得，按月或者按次計算個人所得稅，有扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次代扣代繳稅款。