壹、增值稅專用發票如果不可用，有以下三種情況：
1、當月發現並退回的，銷售方可以直接作廢，並重新開具發票；
2、跨月發現，但仍在抵扣期限內（2010年以後開具的是180天，2010年以前的為90天），可以由購買方或銷售方到稅務局開具紅字發票申請，得到審批後，銷售方開具紅字發票後，才可重新開具正確的發票；
3、發現發票有誤，但已經超過抵扣期限的，就不可以作廢，也無法退回；因此，如妳所說，貴司發現的發票都已經超過90天了（09年開具的，抵扣期限90天），銷售方已無法退換發票。
二、根據《國家稅務總局關於企業所得稅若幹問題的公告》（國家稅務總局公告2011年第34號 ）第六條的規定：“企業當年度實際發生的相關成本、費用，由於各種原因未能及時取得該成本、費用的有效憑證，企業在預繳季度所得稅時，可暫按賬面發生金額進行核算；但在匯算清繳時，應補充提供該成本、費用的有效憑證。”《國家稅務總局關於企業所得稅應納稅所得額若幹稅務處理問題的公告》（國家稅務總局公告2012年第15號）第六條規定：“根據《中華人民***和國稅收征收管理法》的有關規定，對企業發現以前年度實際發生的、按照稅收規定應在企業所得稅前扣除而未扣除或者少扣除的支出，企業做出專項申報及說明後，準予追補至該項目發生年度計算扣除，但追補確認期限不得超過5年。”
擴展資料：
壹、收回原發票直接按作廢處理，重新開具發票。這種方式對開票方來說，操作簡單，方便快捷。《國家稅務總局關於修訂增值稅專用發票使用規定的通知》（國稅發〔2006〕156號）第十三條規定：壹般納稅人在開具專用發票當月，發生銷貨退回、開票有誤等情形，收到退回的發票聯、抵扣聯符合作廢條件的，按作廢處理；開具時發現有誤的，可即時作廢。作廢專用發票須在防偽稅控系統中將相應的數據電文按“作廢”處理，在紙質專用發票（含未打印的專用發票）各聯次上註明“作廢”字樣，全聯次留存。但是，稅務機關對專用發票的作廢條件規定相對嚴格，必須同時符合以下三個條件：收到退回的發票聯、抵扣聯時間未超過銷售方開票當月；銷售方未抄稅並且未記賬；購買方未認證或者認證結果為“納稅人識別號認證不符”、“專用發票代碼、號碼認證不符”。
二、憑購買方出具的通知單開具紅字專用發票後，重新開具發票。由於專用發票作廢條件相對嚴格，壹些納稅人發現開具發票錯誤後，往往是跨月了或已經抄稅等，對於這種不能作廢的發票而又需要重新開具發票的，銷貨方應先開具紅字發票沖銷原發票，再重新開具正確的專用發票。國稅發〔2006〕156號第十四條規定：壹般納稅人取得專用發票後，發生銷貨退回、開票有誤等情形但不符合作廢條件的，或者因銷貨部分退回及發生銷售折讓的，購買方應向主管稅務機關填報《開具紅字增值稅專用發票申請單》（以下簡稱申請單）。主管稅務機關出具《開具紅字增值稅專用發票通知單》（以下簡稱通知單）的條件是申請單所對應的藍字專用發票應經稅務機關認證，經認證結果或為“認證相符”，或為“納稅人識別號認證不符”、“專用發票代碼、號碼認證不符”。有些已經開具的專用發票雖然未經購買方認證，也可以由購買方開具通知單，銷售方憑據此重新開票。《國家稅務總局關於修訂增值稅專用發票使用規定的補充通知》（國稅發〔2007〕18號）規定以下兩種情況：
（壹）因專用發票抵扣聯、發票聯均無法認證的。
（二）購買方所購貨物不屬於增值稅扣稅項目範圍，取得的專用發票未經認證的，由購買方填報申請單，並在申請單上填寫具體原因以及相對應藍字專用發票的信息，主管稅務機關審核後出具通知單。