中華人民共和國財政部和國家稅務總局聯合發布的《關於中國清潔發展機制基金和企業實施清潔發展機制項目企業所得稅政策的通知》(財稅[2009]30號)首次明確了中國清潔發展機制項目的部分所得稅優惠政策，將進壹步促進中國清潔發展機制市場的發展。
為從不同層面支持國內應對氣候變化事業，推動清潔發展機制項目的發展和實施，中國於2007年成立了中國清潔發展基金管理中心，負責資金的籌集、募集、管理和使用。關於清潔發展基金，財稅[2009]30號第壹條明確規定，清潔發展基金取得的四類收入免征企業所得稅，即清潔發展機制項目溫室氣體減排轉讓收入上繳國家的部分、國際金融組織贈款收入、基金資金存放利息收入、購買國債利息收入、境內外機構、組織和個人捐贈收入。需要註意的是，上述四類收入目前並不是我國清潔發展基金的全部來源，其他來源的清潔資金，如基金管理中心從基金業務中取得的經營收入，仍應按規定繳納企業所得稅。
2.企業實行的企業所得稅優惠政策。CDM項目可以享受的待遇主要包括兩個方面:
壹是允許CDM項目實施企業向國家繳納的收入在稅前全額扣除。溫室氣體減排資源歸中國政府所有，特定清潔發展機制項目產生的溫室氣體減排量歸開發企業所有。因此，清潔發展機制項目的溫室氣體減排量轉讓收益歸中國政府和項目實施企業所有。《清潔發展機制項目運行管理辦法》(國家發展改革委、科技部、外交部、財政部令第37號)明確了不同清潔發展機制項目的溫室氣體減排轉讓在國家和實施企業之間的分配比例。財稅[2009]30號文第二條第壹款規定，清潔發展機制項目實施企業按上述比例上繳國家的部分，允許在計算應納稅所得額時扣除，即:
1.氫氟碳化合物(HFC)和全氟化碳(PFC)項目占溫室氣體減排轉移收入的65%；
2.氧化亞氮(N2O)項目，占溫室氣體減排轉移收入的30%；
3.《清潔發展機制項目運作管理辦法》第四條規定的重點領域，造林項目等清潔發展機制項目占溫室氣體減排轉讓收益的2%。
二是實施CDM項目的企業可以享受“三免三減”的優惠政策。對實施HFC、PFC、N2O等清潔發展機制項目並按規定比例上繳國家溫室氣體減排轉讓收入的企業，財稅[2009]30號文件規定，企業實施此類清潔發展機制項目取得的收入，第壹年至第三年免征企業所得稅，第四年至第六年減半征收企業所得稅。享受這壹優惠政策的收入，是指企業實施CDM項目獲得的溫室氣體減排轉讓收入扣除上繳國家部分，再扣除企業實施CDM項目發生的相關成本和費用後的凈收益。
需要註意的是，企業應當單獨核算其享受優惠待遇的CDM項目的收入，合理分攤相關期間的費用。不單獨核算的，不得享受上述企業所得稅優惠政策。此外，中國的第壹筆CDM交易發生在2005年。目前相關協議有效期為2008年至2012年，財稅[2009]30號文件自2007年1起執行。因此，實施清潔發展機制基金和清潔發展機制項目的企業應處理2007年。
3.CDM項目不涉及流轉稅。
中國與發達國家的CDM項目合作領域涉及多種方式，如衛生填埋和城市固體廢物綜合回收，或大規模植樹造林、草地建設和管理，或利用水利、風能、太陽能發電等清潔能源。那麽，中國企業在CDM項目合作中向外國企業或組織收取的款項，是否需要根據雙方合作項目的不同以及中國企業在該項目中提供勞務的形式征收流轉稅？目前沒有明確的文件規定。但在現行政策下，中國企業在實施CDM項目中向外國企業或組織收取的款項不涉及流轉稅。
第壹，對於中國企業在CDM項目合作中向外國企業或組織收取的款項，不能以中國企業在該項目中提供服務的形式征收流轉稅。在中外合作的CDM項目中，外國企業只為合作項目提供資金和技術支持，他們向中國企業提供資金和技術支持的目的只是為了獲得項目產生的溫室氣體減排量，而不是為了獲得參與項目的中國企業提供的服務。也就是說，外國企業並不是中國企業在其合作的CDM項目中所提供服務的接受者。因此，中國企業向外國企業收取的款項不能按應稅服務銷售額征收流轉稅。那麽，外國企業或組織提供的資金，是否應視為企業提供上述服務收取的價外費用，並入其勞務銷售額征收流轉稅？事實上，無論是《增值稅暫行條例》還是《營業稅暫行條例》，本應納入營業稅的“價外費用”都是向購買者收取的，不包括向購買者以外的單位或個人收取的款項。因此，我國企業向外國企業或組織收取的資金，不能視為提供流轉稅應稅服務而收取的“價外費用”，可以並入銷售額征收流轉稅。
第二，對於中國企業在CDM項目中向外國企業收取的款項，不能按照“出售溫室氣體減排”的項目征收流轉稅。雖然從法律上講，“溫室氣體減排”已經成為國際市場上的可交易商品，但根據我國現行的流轉稅法律法規，不能將其列為流轉稅的應稅資產。根據營業稅稅目註釋，屬於營業稅稅目的“轉讓無形資產”包括轉讓土地使用權、商標權、專利權、非專利技術、著作權、商譽等，而“溫室氣體減排”在這裏顯然不屬於任何壹種“無形資產”。增值稅中的貨物指的是“有形動產”，“溫室氣體減排”顯然不屬於增值稅的應稅貨物。因此，即使將中外企業CDM合作項目產生的“溫室氣體減排量”視為資產，也沒有依據現行稅法對其征收流轉稅。