1、群眾舉報：消費者舉報，企業不給開發票；離職的員工舉報，這個在中小企業中占很大壹部分；競爭對手舉報等。
2、查上遊供應商的情況下連帶查出問題的。比如說查到虛開發票的公司，接收虛開的抵扣方就肯定有問題，無非就是主觀故意還是不知情的區別，不知情地要做進項轉出，故意的可能要坐牢。
3、通過涉稅指標分析等系統比對的方式調查偷稅漏稅問題。國稅局有壹個風險識別系統，會自動根據企業的各類報表的信息分析。
4、虛開發票或假發票：壹般企業想要少交稅，只能在發票上下功夫，稅務局查少交稅往往也都是圍繞虛開發票來的。
綜上所述，稅務局查偷稅漏稅是通過群眾舉報、稽查納稅人上下遊的企業連帶查出納稅人的稅務問題、涉稅指標分析等系統比對以及查看有誤虛開發票或假發票的方法調查。
法律依據：
《中華人民***和國刑法》
第二百零壹條
納稅人采取欺騙、隱瞞手段進行虛假納稅申報或者不申報，逃避繳納稅款數額較大並且占應納稅額百分之十以上的，處三年以下有期徒刑或者拘役，並處罰金；數額巨大並且占應納稅額百分之三十以上的，處三年以上七年以下有期徒刑，並處罰金。
扣繳義務人采取前款所列手段，不繳或者少繳已扣、已收稅款，數額較大的，依照前款的規定處罰。
對多次實施前兩款行為，未經處理的，按照累計數額計算。
有第壹款行為，經稅務機關依法下達追繳通知後，補繳應納稅款，繳納滯納金，已受行政處罰的，不予追究刑事責任；但是，五年內因逃避繳納稅款受過刑事處罰或者被稅務機關給予二次以上行政處罰的除外。