公司在進行註銷的流程中，有壹個環節是要到當初進行稅務登記的地方進行稅務登記證書的註銷，在實際稅務登記註銷過程中，稅務機關除了要會對公司呈交的財務報告和支票開局情況進行檢查，還會對公司整體的稅務情況進行風險檢查，如果發現存在稅務問題，就會被遞交給稅務稽查部門。
稅務稽查工作流程如下：
1、選案。對企業信息分析後選出案源，加上上級下達、外部門協查、舉報、以及註銷稅務登記等各類案件下達給檢查部門檢查；
2、檢查。檢查不壹定是要調賬檢查，還可以選擇實地檢查，以實際情況為準。檢查部門檢查完畢後，將證據以及各項資料形成案卷提交給審理部門；
3、審理。審理部門根據案卷提供的信息對案卷進行審理，看證據取得是否合法規範、各種程序是否合法規範、是否同意檢查人員的擬處理意見，最終形成結論性文書，並提交至案件執行部門；
4、執行。執行部門根據結論性文書同企業聯系，進行補繳稅款罰款滯納金等事宜，執行完畢後形成執行報告，並將繳款憑證復印件等資料交給案卷管理人員，案卷管理人員將整理稽查案卷並將案卷入庫保管。
法律依據：《稅務稽查案件辦理程序規定》第四條
稅務稽查由稽查局依法實施。稽查局主要職責是依法對納稅人、扣繳義務人和其他涉稅當事人履行納稅義務、扣繳義務情況及涉稅事項進行檢查處理，以及圍繞檢查處理開展的其他相關工作。稽查局具體職責由國家稅務總局依照稅收征管法、稅收征管法實施細則和國家有關規定確定。