海關對珠海園區與境外之間進出的貨物，除法律、行政法規另有規定的外，實行備案制管理。
園區與境外之間進出的貨物，有貨物的收發貨人或代理人填寫“進出境貨物備案清單”，向海關備案。
區內企業提出書面申請並經海關批準，可以辦理集中申報手續。
園區與境外之間進出的貨物應當向珠海園區主管海關申報。貨物的進出境口岸不在園區主管海關管轄區域的，區內企業應當按照轉關運輸或異地報關等方式辦理相關手續。
（1）保稅貨物：
① 區內企業為加工出口產品所需的原材料、零部件、元器件、包裝物料、輔助材料；
② 轉口貨物、在園區儲存的貨物和展覽品、樣品。
（2）免稅貨物：
① 進口珠海園區生產性的基礎設施建設項目所需的機器、設備和其他物資；
② 進口區內企業自用的生產、管理設備和自用合理數量的辦公用品及其所需的維修零配件，建設生產廠房、倉儲設施所需的物資、設備；
③ 進口珠海園區行政管理機構自用合理數量的管理設備和辦公用品及其所需的維修零配件；
④ 從珠海園區運往境外的貨物（法律、行政法規另有規定的除外）。
（3）征稅貨物：
規定可以保稅和免稅範圍以外的貨物或物品從境外進入珠海園區，應當依法納稅。
2.與境內之間
分出區和進區兩種情況。
（1）出區
園區內貨物運往區外視同進口。
園區內貨物運往區外，由區內企業填制“出境貨物備案清單”向園區主管海關辦理申報手續，區外收貨人或其代理人填制進口貨物報關單向珠海園區主管海關辦理申報手續。
區內企業跨關區配送貨物或異地企業跨關區到珠海園區提取貨物，可以在園區主管海關辦理申報手續，也可以按照規定在異地企業所在地海關辦理申報手續。
需要征稅的，海關按照貨物出區時的實際狀態征稅；屬於許可證件管理商品的，區內企業或者區外收貨人還應當向海關出具許可證件。具體執行如下：
① CEPA貨物出區
以壹般貿易方式經珠海園區進入境內區外，並獲得香港或澳門簽證機構簽發的CEPA優惠原產地證書的貨物，可以享受CEPA零關稅優惠。
② 壹般貿易和加工貿易貨物出區
以壹般貿易方式經珠海園區進入境內區外或者經園區企業加工進入境內區外的貨物按出區的實際流向辦理進口報關手續：
- 用於加工貿易的，按加工貿易貨物的報關程序辦理進口報關手續；
- 擁有可以享受特定減免稅的特定地區、特定企業和特定用途的，按特定減免稅貨物的報關程序辦理進口報關手續；
- 進入國內市場或使用於境內其他方面，按壹般進口貨物的報關程序辦理進口報關手續。
③ 免稅貨物出區
海關按貨物進口的有關規定辦理手續。
④ 殘次品、邊角料出區
n 殘次品出區
內銷出區海關按內銷時的實際狀態征稅。
n 邊角料、廢品出區
區內企業提出書面申請並且經海關批準的，可以運往區外，海關按出區時的時間狀態征稅。屬於進口配額、許可證件管理商品的，免領進口配額、許可證件；屬於《禁止進口廢物目錄》的廢物以及其他為限廢物需出區進行處置的，有關企業憑珠海園區行政管理機構以及所在地的市級環保部門批件等材料，向海關辦理出區手續。
⑤ 出區外發加工
n 出區手續
所需材料：承攬加工合同或者協議、承攬企業營業執照復印件和區內企業企業簽章確認的承攬企業生產能力狀況等材料。
n 加工期限
不得超過6個月，加工完的貨物應當按期運回珠海關區。產生的邊角料、廢品、殘次品、副產品不運回園區的，海關將按實際狀態征稅。
n 核銷手續
貨物運回園區後，區內企業憑出區時的委托區外加工申請以及有關單證，向海關辦理驗放核銷手續。
⑥ 出區展示
比照海關對暗示進境貨物的有關規定辦理出區手續。
⑦ 出區檢測、維修
n 出區手續
在園區內使用的機器、設備、模具和辦公用品等海關監管貨物，區內企業或園區行政管理機構向園區主管海關提出書面申請，並經海關核準、登記後，可以運往區外進行檢測、維修。將模具運往區外進行檢測、維修的，應留存模具所生產產品的樣品或圖片資料。
n 出區期限
運往區外進行檢測、維修的機器、設備、模具和辦公用品等，不得在區外用於加工生產和使用，並應當自運出之日起60日內運回珠海園區。因特殊情況不能如期運回的，區內企業或園區行政管理機構應當在期限屆滿前7天內，以書面形式向海關申請延期，延長期限不得超過30天。
n 運回手續
檢測、維修完畢運回園區的機器、設備、模具和辦公用品等應當為原物。有更換新零件、配件或附件的，原零件、配件或附件應當壹並運回區內。
對在區外更換的國產零件、配件或附件，需要退稅的，由區內企業或區外企業提出申請，園區主管海關按照出口貨物的有關規定辦理手續，簽發出口貨物報關單證明聯。
⑧ 退運出區
需要退運到區外的貨物，區內企業向園區主管海關提出退運申請，提供註冊地稅務主管部門證明其貨物未辦理出口退稅或者所退稅款已退還稅務主管部門的證明材料和出口單證，並經園區主管海關批準的，可以辦理退運手續；
屬於已經辦理出口退稅手續並所退稅款未退還稅務主管部門的，應當按照進口貨物辦理進口手續，需要征稅的，按照貨物出區時的實際狀態征稅；
屬於配額、許可證件管理商品的，區內企業或區外收貨人還應當向海關出具進口配額、許可證件。
⑨ 集中申報
集中申報的期限不得超過30天，並且不得跨年度辦理。
（2）進區
貨物從境內區外進入珠海園區視同出口。
① 壹般貿易和加工貿易貨物進區
海關按照貨物出口的有關規定辦理手續。屬於出口應稅商品的，按照有關規定進行征稅；
屬於許可證件管理商品的，區內企業或區外發貨人還應當向海關出具許可證件。
貨物的出口退稅按照壹下規定辦理：
n 從區外進入珠海園區供區內企業使用的國產機器、設備、原材料、零部件、元器件、包裝物料以及建造基礎設施、企業和行政管理部門生產、辦公用房所需合理數量的基建物資等，海關按照出口貨物的有關規定辦理手續，簽發出口貨物報關單證明聯；
n 從區外進入珠海園區供區內企業和行政管理機構使用的生活消費品、交通運輸工具等，海關不予簽發出口貨物報關單證明聯。
② 原進口貨物進區
從區外進入珠海園區的進口機器、設備、原材料、零部件、元器件、包裝物料、基建物資等，有關企業應當向海關提供上述貨物或者物品的清單，並辦理出口報關手續；上述貨物或者物品已經繳納的進口環節稅，不予退還。
③ 出區外發加工運回
加工生產過程中使用國內料件並且屬於出口應稅商品的，加工產品運回區內時，所使用的國內料件應當按規定繳納出口關稅。
④ 進區不再出區的物資
區內企業應向海關提供有關物資清單，經海關批準放行。
⑤ 進區商品展示
比照海關對暫時出境貨物的有關規定辦理出區手續。
⑥ 進區集中申報
集中申報的期限不得超過30天，並且不得跨年度辦理。
區內企業可以參照《中華人民***和國對出口加工區監管的暫行辦法》和《中華人民***和國海關出口加工區貨物出區深加工結轉管理辦法》的有關規定，將本企業加工生產的產品直接或者通過保稅倉庫轉入出口加工區、保稅區、保稅港區等海關特殊監管區域內及區外加工貿易企業進壹步加工後復出口。