適用特殊性稅務處理規定的重組，當事各方應提交書面資料備案;適用壹般性稅務處理規定的重組，當事各方應準備相關資料備查。
第壹，適用特殊性稅務處理的企業因重組業務完成時間不同，區分以下幾種情況處理。
對2011年完成重組的企業，發生符合規定的特殊性重組條件並選擇特殊性稅務處理的，當事各方應在該重組業務完成當年企業所得稅年度申報時，按辦法的相關規定向主管稅務機關提交書面備案資料，證明其符合各類特殊性重組規定的條件。對辦法發布前即2010年7月26日前企業已經完成重組業務的，如適用特殊性稅務處理，應按辦法規定補備相關資料，需要稅務機關確認的，按照辦法要求補充確認。
對2011年尚未完成重組，但是重組為涉及在連續12個月內分步交易，且跨兩個納稅年度的，如當事各方在第壹步交易完成時預計整個交易可以符合特殊性稅務處理條件，經協商壹致選擇特殊性稅務處理的，可在第壹步交易完成後，按辦法規定提交相關資料備案。
第二，適用壹般性稅務處理規定的企業區分以下情況處理。
對2011年完成重組並選擇適用壹般性稅務處理的企業，應按辦法規定準備資料以備稅務機關檢查。應註意的是，根據辦法第十四條的規定，企業分立並且被分立企業不再繼續存在時，應按規定進行清算。被分立企業在報送《企業清算所得納稅申報表》時，應壹並附送工商部門或其他政府部門的批準文件和被分立企業全部資產的計稅基礎以及評估機構出具的資產評估報告等資料。
對2011年尚未完成重組，但是重組為涉及在連續12個月內分步交易，且跨兩個納稅年度的，如當事各方在2011年度不能預計整個交易是否符合特殊性稅務處理條件，應統壹適用壹般性稅務處理並準備相關資料備查。
未享受完的稅收優惠規定不同
適用特殊性處理規定的合並(分立)企業可以承繼被合並(分立)企業未享受完的稅收優惠，適用壹般性稅務處理規定的合並(分立)企業僅就存續企業未享受完的稅收優惠繼續執行。
根據通知及辦法的規定，適用特殊性處理的合並(分立)，凡屬於依照企業所得稅法第五十七條規定中就企業整體(即全部生產經營所得)享受稅收優惠過渡政策的，合並或分立後的企業性質及適用稅收優惠條件未發生改變的，可以繼續享受合並前各企業或分立前被分立企業剩余期限的稅收優惠。合並前各企業剩余的稅收優惠年限不壹致的，合並後企業每年度的應納稅所得額，應統壹按合並日各合並前企業資產占合並後企業總資產的比例進行劃分，再分別按相應的剩余優惠計算應納稅額。
適用壹般性稅務處理的企業合並(分立)，合並或分立各方企業涉及享受企業所得稅法第五十七條規定中的稅收優惠過渡政策尚未期滿的，僅就存續企業未享受完的稅收優惠繼續執行。註銷的被合並或被分立企業未享受完的稅收優惠，不再由存續企業承繼，合並或分立而新設的企業不得再承繼或重新享受上述優惠。具體是指：在企業吸收合並中，合並後的存續企業可以繼續享受合並前該企業剩余期限的稅收優惠，其優惠金額按存續企業合並前壹年的應納稅所得額(虧損計為零)計算。在企業存續分立中，分立後的存續企業可以繼續享受分立前該企業剩余期限的稅收優惠，其優惠金額按該企業分立前壹年的應納稅所得額(虧損計為零)乘以分立後存續企業資產占分立前該企業全部資產的比例計算。
需要註意的是，就合並前，各企業或分立前被分立企業按照企業所得稅法的稅收優惠規定，以及稅收優惠過渡政策中就有關生產經營項目所得享受的稅收優惠承繼處理問題，特殊性稅務處理和壹般性稅務處理的原則是壹致的，即在減免稅期限內的，受讓項目的存續企業自受讓之日起，可以在剩余期限內享受規定的減免稅優惠。
虧損彌補的規定不同
適用特殊性處理規定的合並(分立)企業可以繼續彌補被合並(分立)企業未超過法定彌補期限的虧損額，適用壹般性稅務處理規定的合並(分立)企業虧損不得在企業間結轉彌補。
根據通知及辦法的規定，適用特殊性處理的合並，可由合並企業彌補的被合並企業虧損的限額(每年)=被合並企業凈資產公允價值×截至合並業務發生當年年末國家發行的最長期限的國債利率。可見，適用特殊性稅務處理的企業合並，需要結轉彌補虧損的，被合並企業凈資產公允價值還需要由企業提供相關評估報告等證明資料。適用特殊性稅務處理的企業分立，被分立企業未超過法定彌補期限的虧損額可按分立資產占全部資產的比例進行分配，由分立企業繼續彌補。
適用壹般性稅務處理的合並(分立)虧損不得在企業間結轉彌補。
企業重組涉及的其他稅種及政策規定
除企業所得稅外，企業重組主要涉及增值稅、營業稅和土地增值稅。國家稅務總局公告2011年第13號文件和國家稅務總局公告2011年第51號文件規定，納稅人在資產重組過程中，通過合並、分立、出售、置換等方式，將全部或者部分實物資產以及與其相關聯的債權、負債和勞動力壹並轉讓給其他單位和個人，不屬於增值稅的征稅範圍，其中涉及的貨物轉讓，不征收增值稅，其中涉及的不動產、土地使用權轉讓，不征收營業稅。
對於土地增值稅，《財政部、國家稅務總局關於土地增值稅壹些具體問題規定的通知》(財稅字[1995]第48號)規定，在企業兼並中，對被兼並企業將房地產轉讓到兼並企業中的，暫免征收土地增值稅。根據《中華人民***和國土地增值稅暫行條例》(國務院令[1993]第138號)規定，企業分立涉及的土地所有權轉移不屬於土地增值稅征稅範圍，並非被分立企業將土地轉讓給新成立企業，而是被分立企業的股東將該資產換股。