國家稅務總局《關於鐵路運費進項稅額抵扣有關問題的通知》（國稅發〔2000〕14號）規定，自2000年1月1日起，增值稅壹般納稅人購進或銷售貨物（固定資產除外）所支付的鐵路運輸費用，準予抵扣的範圍限於鐵路運輸部門開具的貨票上註明的以下項目：運輸運營費用（即發到運費和運行運費）；鐵路建設基金；臨管鐵路運費及新線運費（包括：大秦煤運費、京秦煤運費、京原煤運費、豐沙大煤運費、京九分流加價、太古嵐加價、京九運費、大沙運費、侯月運費、南昆運費、宣杭運費、伊敏運費、通霍運費、塔韓運費、北侖運費）。
國家稅務總局《關於合九鐵路運費抵扣進項稅額問題的批復》（國稅函〔2000〕1037號）規定，合九鐵路運輸費用中的“鐵路貨物運費”和“代收國鐵運費”，其性質與國家稅務總局《關於鐵路運費進項稅額抵扣有關問題的通知》（國稅發〔2000〕14號）中列舉的準予抵扣的運費項目相同。因此，對合九鐵路的上述兩項鐵路運費，可列入增值稅的進項稅額予以抵扣。
國家稅務總局《關於鐵路運費進項稅額抵扣有關問題的補充通知》（國稅函〔2003〕970號）規定，從2003年8月22日起，除國家稅務總局《關於鐵路運費進項稅額抵扣有關問題的通知》（國稅發〔2000〕14號）中規定的抵扣項目外，對鐵路運輸部門開具新增的北疆線、西康線、上鉛線、內六線、福前線、塔十線、廣深線、南疆線貨票運費，允許按7％的扣除率計算抵扣進項稅額。中國鐵路包裹快運公司（簡稱中鐵快運）為客戶提供運輸勞務，屬於鐵路運輸企業。因此，對增值稅壹般納稅人購進或銷售貨物取得的《中國鐵路小件貨物快運運單》列明的鐵路快運包幹費、超重費、到付運費和轉運費，可按7％的扣除率計算抵扣進項稅額。
國家稅務總局《關於鐵路運費進項稅額抵扣問題的補充通知》（國稅函〔2005〕332號）規定，由於我國鐵路建設發展較快，新線不斷投入使用，沒有列明的臨管線和新線運費不能抵扣，導致鐵路運費增值稅抵扣政策不平衡。為解決上述問題，自2005年4月1日起，增值稅壹般納稅人購進或銷售貨物（固定資產除外）所支付的運輸費用（包括未列明的新增的鐵路臨管線及鐵路專線運輸費用）準予抵扣。準予抵扣的範圍僅限於鐵路運輸企業開具各種運營費用和鐵路建設基金，隨同運費支付的裝卸費、保險費等其他雜費不得抵扣。東北地區擴大增值稅抵扣範圍企業購進或銷售固定資產支付的運輸費用準予抵扣。此前規定凡與該規定不符的，壹律按該規定執行。