壹、印花稅扣除常見錯誤做法：
在計算扣除額時，將印花稅作為“與轉讓房地產有關的稅金”進行扣除，造成了印花稅的重復扣除。
正確做法：印花稅應列入企業的管理費用進行扣除，不再計入“與轉讓房地產有關的稅金”中扣除。
政策解析：《財政部 國家稅務總局關於土地增值稅-些具體問題規定的通知》（財稅[1995]48號）規定：“細則中規定允許扣除的印花稅，是指在轉讓房地產時繳納的印花稅。房地產開發企業按照《施工、房地產開發企業財務制度》的有關規定，其繳納的印花稅列入管理費用，已相應予以扣除。”
二、評估費用扣除常見錯誤做法：
將評估費用壹律計入扣除項目。
正確做法：視納稅人是否隱瞞、虛報房地產成交價格等隋形而決定是否予以扣除。
政策解析：《財政部國家稅務總局關於土地增值稅壹些具體問題規定的通知》規定：“納稅人轉讓舊房及建築物時因計算納稅的需要而對房地產進行評估，其支付的評估費用允許在計算增值額時予以扣除，對條例第九條規定的納稅人隱瞞、虛報房地產成交價格等情形而按房地產評估價格計算征收土地增值稅所發生的評估費用，不允許在計算土地增值稅時予以扣除。”
三、利息支出扣除常見錯誤做法：
將利息支出壹律計入扣除項目。
正確做法：視情況確定，分在規定範圍內據實扣除和在10％以內計算扣除兩種情況。
政策解析：政策解析：根據《中華人民***和國土地增值稅暫行條例實施細則》的規定，利息支出要分兩種情況扣除。凡能夠按轉讓房地產項目計算分攤並提供金融機構證明的，允許據實扣除，但不能超過按商業銀行同類同期貸款利率計算的金額。凡不能按轉讓房地產項目計算分攤利息支出或不能提供金融機構證明的，利息支出不得單獨計算，而應並入房地產開發費用中壹並計算扣除。在這種情況下，房地產開發費用按取得土地使用權所支付的金額和房地產開發成本之和的10％以內計算扣除，具體比例由省、自治區、直轄市人民政府規定。
四、代收費用扣除常見錯誤做法：
將代收費用壹律計入扣除項目予以扣除，在加計20％扣除時，未從計算的基數中剔除。
正確做法：首先，確定要求代收費用的主體是否是縣級以上人民政府；其次，視情形決定是否作為扣除項目，且壹律不得作為加計20％扣除計算的基數。
政策解析：根據《財政部 國家稅務總局關於土地增值稅-些具體問題規定的通知》的規定，對於縣級以上人民政府要求房地產開發企業在售房時代收的各項費用，可以，根據代收費用是否計入房價和是否作為轉讓收入，確定是否扣除。如果代收費用是計入房價中向購買方-並收取的，可作為轉讓房地產所取得的收入計稅；相應的，在計算扣除項目金額時，代收費用可以扣除，但不允許作為加計20%扣除的基數。如果代收費用未計入房價中，而是在房價之外單獨收取的，可以不作為轉讓房地產的收入。相應地，在計算增值額對，代收費用不允許在收入中扣除。
五、計算轉讓部分的土地面積所占比例常見錯誤做法：
許多納稅人在成片受讓土地使用權後，分期分批開發、轉讓房地產，在分項目清算土地增值稅時，要分別確定“取得土地使用權所支付的金額”這壹扣除項目，少數納稅人往往以轉讓部分的土地面積占土地使用權證上標註的土地總面積之比計算分攤。這種做法會導致少計算扣除“取得土地使用權所支付的金額”。
正確做法：應以實際轉讓土地的面積占可轉讓土地總面積之比計算分攤。
政策解析：《國家稅務總局關於廣西土地增值稅計算問題請示的批復》（國稅困[1999]112號）規定：“在計算轉讓土地的增值額時，按實際轉讓土地的面積占可轉讓土地總面積來計算分攤”。可轉讓土地面積，系開發土地總面積減除不能轉讓的公***設施用地面積後的剩余面積。
六、公***設施的成本費用扣除常見錯誤做法：
將小區居委會、會所、停車場（庫）、物業管理場所、居民文體娛樂場所等公***設施的成本費用壹律計入扣除項目。
正確做法：視其產權或轉讓方式等情況來確定是否扣除。
政策解析：根據《國家稅務總局關於房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》的規定，房地產開發企業開發建造的與清算項目配套的居委會和派出所用房、會所、停車場（庫）、物業管理場所、變電站、熱力站、水廠、文體場館、學校、幼兒園、托兒所、醫院、郵電通訊等公***設施，按以下原則處理：（1）建成後產權屬於全體業主所有的，其成本、費用可以扣除，（2）建成後無償移交給政府、公用事業單位用於非營利性社會公***事業的，其成本、費用可以扣除；（3）建成後有償轉讓的，應計算收入，並準予扣除成本、費用。
七、將房地產用於對外捐贈常見錯誤做法：
認為對外捐贈是壹種無償行為，因此在計算土地增值稅時，壹律不計收入，不申報繳納土地增值稅。
正確做法：僅有兩種情況下捐贈房地產不繳納土地增值稅。
政策解析：《中華人民***和國土地增值稅暫行條例實施細則》第二條規定：“條例第二條所稱的轉讓國有土地使用權、地上的建築物及其附著物並取得收入，是指以出售或者其他方式有償轉讓房地產的行為。不包括以繼承、贈與方式無償轉讓房地產的行為。”《財政部國家稅務總局關於土地增值稅壹些具體問題規定的通知》對此作了進壹步規定，指出細則所稱的“贈與”指如下情況：（壹）房產所有人、土地使用權所有人將房屋產權、土地使用權贈與直系親屬或承擔直接贍養義務人的。 （二）房產所有人、土地使用權所有人通過中國境內非營利的社會團體、國家機關將房屋產權、土地使用權贈與教育、民政和其他社會福利、公益事業的。除這兩種情況之外的捐贈行為都應計入收入繳納土地增值稅。
八、將房地產開發產品轉作固定資產常見錯誤做法：
壹律視同銷售，確認收入，計算土地增值稅。
正確做法：如果產權未發生轉移，不征收土地增值稅。
政策解析：在計算企業所得稅時，根據《國家稅務總局關於房地產開發業務征收企業所得稅問題的通知》（國稅發[2006] 31號）的規定，開發企業將開發產品轉作固定資產或用於捐贈、贊助、職工福利、獎勵、對外投資、分配給股東或投資人、抵償債務、換取其他企事業單位和個人的非貨幣性資產等行為，都應視同銷售，計算繳納企業所得稅。
在計算土地增值稅時，根據《國家稅務總局關於房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》的規定，分為非直接銷售和自用兩種情況：如果房地產開發企業將開發產品用於職工福利、獎勵、對外投資、分配給股東或投資人、抵償債務、換取其他單位和個人的非貨幣性資產等，發生所有權轉移時應視同銷售房地產。如果將開發的部分房地產轉為企業自用或用於出租等商業用途時，產權未發生轉移，則不征收土地增值稅，在稅款清算時不列收入，不扣除相應的成本和費用。
九、進行房地產的交換常見錯誤做法：
交換雙方都不確認收入，不繳納土地增值稅。
正確做法：交換雙方都應作為壹種實物收入，申報繳納土地增值稅。
政策解析：根據《中華人民***和國土地增值稅暫行條例》的規定，納稅人轉讓房地產所取得的收入，包括貨幣收入、實物收入和其他收入。通過房地產交換，交換雙方都取得房產這壹實物形態的收入，應屬於土地增值稅的征稅範圍。值得註意的是，根據《財政部國家稅務總局關於土地增值稅壹些具體問題規定的通知》的規定，對個人之間互換自有居住用房地產的，經當地稅務機關核實，可以免征土增值稅。
十、以房地產作價入股進行投資或聯營常見錯誤做法：
壹律不繳納土地增值稅。
正確做法：所投資、聯營的企業從事房地產開發的，或者房地產開發企業以其建造的商品房進行投資和聯營的，應繳納土地增值稅。
政策解析：《財政部國家稅務總局關於土地增值稅壹些具體問題規定的通知》規定：“對於以房地產進行投資、聯營的，投資、聯營的壹方以土地（房地產）作價入股進行投資或作為聯營條件，將房地產轉讓到所投資、聯營的企業中時，暫免征收土地增值稅。對投資、聯營企業將上述房地產再轉讓的，應征收土地增值稅。”2006年，《財政部國家稅務總局關於土地增值稅若幹問題的通知》（財稅[2006] 21號）中對這壹條款作了補充規定，對於以土地（房地產）作價入股進行投資或聯營的，凡所投資、聯營的企業從事房地產開發的，或者房地產開發企業以其建造的商品房進行投資和聯營的，均不適用《財政部國家稅務總局關於土地增值稅壹些具體問題規定的通知》第壹條暫免征收土地增值稅的規定。