壹、購入農業生產者銷售的免稅農產品，取得或開具收購發票，壹般情況計算抵扣9%（發票買價×9%），深加工13%產品計算抵扣10%（發票買價×10%）。
例1：從果農處購入其自產的水果壹批（免稅農產品），取得收購發票註明買價 10000 元。
（1）如直接銷售，抵扣進項稅＝10000×9%＝900元，該批水果成本=10000-900=9100元；
（2）如進壹步加工13%的產品，抵扣進項稅＝10000×10%＝1000元，該批水果成本=10000-1000=9000元。
二、取得壹般納稅人開具9%專票或海關9%進口繳款書，壹般情況憑票抵扣9% ，深加工13%產品計算抵扣10%。
例2：從水果經銷商（壹般納稅人）處購入水果壹批，取得增值稅專用發票註明價款 10000 元，增值稅 900 元。
（1）如直接銷售，抵扣進項稅＝10000×9%＝900元，就是票面註明的稅額 ；該批水果成本=票面的不含稅金額10000元；
（2）如進壹步加工13%的產品，抵扣進項稅＝10000×10%＝1000元 ，該批水果成本=價稅合計金額10900-進項稅額1000=9900元。
三、取得簡易計稅小規模納稅人開具3%專票計算抵扣9%（發票不含稅金額×9%），深加工13%產品計算抵扣10%。
例3：從水果經銷商（小規模納稅人）處購入水果壹批，取得增值稅專用發票註明價款 10000 元，增值稅 300 元。
（1）如直接銷售，抵扣進項稅＝10000×9%＝900元 ，該批水果成本=價稅合計金額10300-進項稅額900=9400元；
（2）如壹步加工13%的產品，抵扣進項稅＝10000×10%＝1000元，該批水果成本=價稅合計金額10300-進項稅額1000=9300元；
（3）如取得的是增值稅普通發票，則不允許抵扣進項稅，該批水果成本=價稅合計金額10300元。
四、從批發零售環節購進免稅蔬菜、部分鮮活肉蛋取得普通發票不得抵扣進項。（因為本身免稅了，只能開普票，進項自然也不能抵扣）。
法律依據
《增值稅暫行條例》第八條規定，納稅人購進貨物或者接受應稅勞務（以下簡稱購進貨物或者應稅勞務）支付或者負擔的增值稅額，為進項稅額。
下列進項稅額準予從銷項稅額中抵扣：
（壹）從銷售方取得的增值稅專用發票上註明的增值稅額。
（二）從海關取得的海關進口增值稅專用繳款書上註明的增值稅額。
（三）購進農產品，除取得增值稅專用發票或者海關進口增值稅專用繳款書外，按照農產品收購發票或者銷售發票上註明的農產品買價和13%的扣除率計算的進項稅額。進項稅額計算公式：
進項稅額＝買價×扣除率
（四）購進或者銷售貨物以及在生產經營過程中支付運輸費用的，按照運輸費用結算單據上註明的運輸費用金額和7%的扣除率計算的進項稅額。進項稅額計算公式：
進項稅額＝運輸費用金額×扣除率
準予抵扣的項目和扣除率的調整，由國務院決定。
《財政部、國家稅務總局關於農民專業合作社有關稅收政策的通知》（財稅（2008）第081號）規定，增值稅壹般納稅人從農民專業合作社購進的免稅農業產品，可按13%的扣除率計算抵扣增值稅進項稅額。